更改 ggplot2 barplot 中闪避条的顺序

Posted 2023-02-16

【中文标题】更改 ggplot2 barplot 中闪避条的顺序

【英文标题】：Changing the order of dodged bars in ggplot2 barplot

【发布时间】：2010-12-15 20:17:21

【问题描述】：

我有一个数据框df.all，我使用下面的代码将它绘制在一个带有 ggplot2 的条形图中。我想让它翻转被闪避的条形图的顺序。也就是说，标有“单数”的条位于标有“复数”的条之前。

ggplot(df.all, aes(gram, V1, fill=number)) + 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge") + 
    scale_x_discrete(labels=c("Grammatical","Ungrammatical")) +
    scale_y_continuous(formatter="percent", limits=c(0,1)) +
    facet_grid(. ~ experiment) + 
    scale_fill_hue("Attractor", breaks=c("S","P"), labels=c("Singular","Plural"))

我尝试过 levels(df.all$number) = c("S", "P") 认为可能 ggplot 使用级别的顺序来决定绘图顺序，但这不起作用。我不确定还能尝试什么。有什么想法吗？

df.all的内容，如果有用的话：

> df.all
  number gram     experiment        V1
1      S    G BERIMBAU_AGR_A 0.8133333
2      S    G BERIMBAU_AGR_B 0.8658537
3      S    U BERIMBAU_AGR_A 0.5436242
4      S    U BERIMBAU_AGR_B 0.4597701
5      P    G BERIMBAU_AGR_A 0.8580645
6      P    G BERIMBAU_AGR_B 0.8536585
7      P    U BERIMBAU_AGR_A 0.3087248
8      P    U BERIMBAU_AGR_B 0.3975904

> str(df.all)
'data.frame':   8 obs. of  4 variables:
 $ number    : Factor w/ 2 levels "S","P": 2 2 2 2 1 1 1 1
  ..- attr(*, "scores")= num [1:2(1d)] 0 -1
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 1
  .. .. ..$ : chr  "P" "S"
 $ gram      : Factor w/ 2 levels "G","U": 1 1 2 2 1 1 2 2
 $ experiment: Factor w/ 4 levels "BERIMBAU_AGR_A",..: 1 4 1 4 1 4 1 4
 $ V1        : num  0.813 0.866 0.544 0.46 0.858 ...

【问题讨论】：

我认为这是 ggplot2 中的一个错误 - 它应该在躲避条时尊重数据顺序（或顺序美学），但我认为它可能不会。没有可重复的例子很难说。

哈德利，我可以给你一些数据和代码吗？我很擅长重现这个错误:)

【参考方案1】：

我认为df.all$number 需要成为一个有序因素。试试df.all$number <- ordered(df.all$number)

【讨论】：

是的，然后您可以使用levels=c()选项手动更改排序

【参考方案2】：

在某些情况下，我认为这是不可能的：

layerCake<-data.frame(group=c(rep("normal",4),rep("tumor",4)),
                      class=factor(rep(c("exon","intron","intergenic","unmapped"),2),levels=rev(c("exon","intron","intergenic","unmapped")),ordered=TRUE),
                      fraction=c(.02,.25,.50,.23,.015,.20,.555,.23)
)
layerCake[layerCake$group=='normal',"reads"]<-130948403*layerCake[layerCake$group=='normal',"fraction"]
layerCake[layerCake$group=='tumor',"reads"]<-200948403*layerCake[layerCake$group=='tumor',"fraction"]
g<-ggplot(layerCake, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))

正确的堆叠顺序： g+geom_bar(stat="identity",position="stack")

闪避顺序不正确：

g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

让我们尝试颠倒ggplot中的顺序：

g<-ggplot(lc, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = -as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))
g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

没有骰子

让我们尝试重新排序数据框

lc <- with(lc, lc[order(-as.numeric(class)), ])
g<-ggplot(lc, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = -as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))
g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

没有

【参考方案3】：

Hadley 提供了解决方案。这是问题和解决方案的复制。

目标是让标有“S”的条出现在标有“P”的条之前。默认情况下不会发生这种情况，因为 R 按字母顺序排列级别。

df <- read.csv("http://pealco.net/code/ggplot_dodge/df.txt")
ggplot(df, aes(gram, V1, fill=number))
    + geom_bar(stat="identity", position="dodge")

正如 Hadley 在另一个答案中评论的那样，“您需要根据 x 变量而不是 y 变量重新排序”。虽然我不确定为什么会这样。

要翻转本例中因子的顺序，您可以将因子转换为数值并乘以 -1。

df <- with(df, df[order(gram, -as.numeric(number)), ])

我仍然想要更多关于df <- with(df, df[order(gram, -as.numeric(number)), ]) 为何有效的解释。

【讨论】：

外部链接没有帮助。

【参考方案4】：

改变因子水平确实会改变躲避柱的顺序！常见陷阱：颜色仍然停留在某个位置，所以快速浏览会使看起来顺序没有改变。但是，如果您查看这些值，您会发现顺序确实发生了变化。

编辑：我之前的回答仅更改了条形图的配色顺序。这仍然很有用，因为我们可能经常希望在更改条形顺序的同时反转配色方案：

我使用 scale_fill_manual 是因为我想手动填充条形的颜色。

ggplot(data, aes_string(x = "countries", y = "population", fill = "agegroups")) +
scale_fill_manual(values = CustomColorFunction(), limits = (levels(data$agegroups)))

花了 5 个小时修补不断变化的因子水平并安排数据框，希望这对某人有所帮助！