ggplot2 - 抖动和位置闪避一起

Posted 2023-02-16

【中文标题】ggplot2 - 抖动和位置闪避一起

【英文标题】：ggplot2 - jitter and position dodge together

【发布时间】：2012-05-16 14:38:56

【问题描述】：

我正在尝试从 GGplot2 研讨会 http://dl.dropbox.com/u/42707925/ggplot2/ggplot2slides.pdf 重新创建一个图形。

在这种情况下，我正在尝试生成示例 5，其中抖动的数据点会受到闪避。当我运行代码时，这些点以正确的线为中心，但没有抖动。

这是直接来自演示文稿的代码。

set.seed(12345)
hillest<-c(rep(1.1,100*4*3)+rnorm(100*4*3,sd=0.2),
       rep(1.9,100*4*3)+rnorm(100*4*3,sd=0.2))
rep<-rep(1:100,4*3*2)
process<-rep(rep(c("Process 1","Process 2","Process 3","Process 4"),each=100),3*2)
memorypar<-rep(rep(c("0.1","0.2","0.3"),each=4*100),2)
tailindex<-rep(c("1.1","1.9"),each=3*4*100)
ex5<-data.frame(hillest=hillest,rep=rep,process=process,memorypar=memorypar, tailindex=tailindex)
stat_sum_df <- function(fun, geom="crossbar", ...) stat_summary(fun.data=fun, geom=geom, ...) 

dodge <- position_dodge(width=0.9) 
p<- ggplot(ex5,aes(x=tailindex ,y=hillest,color=memorypar)) 
p<- p + facet_wrap(~process,nrow=2) + geom_jitter(position=dodge) +geom_boxplot(position=dodge)  
p

【问题讨论】：

鉴于 Didzis Elferts 使用 ggplot2 1.0.0 版中提供的position_jitterdodge 提供了更好的答案，您应该不接受我的答案并接受 Didzis Elferts 提供的答案。

【参考方案1】：

在ggplot2 版本1.0.0 中有一个名为position_jitterdodge() 的新职位是针对这种情况而设立的。该位置应在geom_point() 内使用，fill= 应在aes() 内使用以显示通过哪个变量来躲避您的数据。要控制躲避参数的宽度，应该使用dodge.width=。

ggplot(ex5, aes(x=tailindex, y=hillest, color=memorypar, fill=memorypar)) +
      facet_wrap(~process, nrow=2) +
      geom_point(position=position_jitterdodge(dodge.width=0.9)) +
      geom_boxplot(fill="white", outlier.colour=NA, position=position_dodge(width=0.9))

【讨论】：

感谢您的这篇文章。这很有帮助。我目前正在编写自己的代码，运行良好。但是，我以某种方式得到了异常值的黑色。你能猜出可能是什么原因吗？

黑色是异常值的默认颜色。在此代码中，geom_boxplot() outlier.colour= 设置为 NA 以不显示它们。

嗨，我刚刚找到了解决方案。 outlier.colour 必须拼写为颜色，而不是颜色。看来美式咒语在这里并不受欢迎。感谢您的回复。 :-)

@DidzisElferts, outlier.colour = NA 在 Rshiny/plotly 显示的情况下不起作用。有什么解决办法吗？

你也可以尝试使用颜色‘透明’

【参考方案2】：

编辑：ggplot2 版本 1.0.0 使用 position_jitterdodge 有更好的解决方案。请参阅@Didzis Elferts 的回答。注意dodge.width控制闪避的宽度，jitter.width控制抖动的宽度。

我不确定代码是如何在 pdf 中生成图表的。

但是这样的事情会让你接近你所追求的吗？

我将tailindex 和memorypar 转换为数字；将它们加在一起；结果是geom_jitter 层的 x 坐标。可能有一种更有效的方法来做到这一点。另外，我想看看如何躲避geom_boxplot 和geom_jitter，并且没有抖动，将在pdf 中生成图形。

library(ggplot2)
dodge <- position_dodge(width = 0.9)
ex5$memorypar2 <- as.numeric(ex5$tailindex) + 
  3 * (as.numeric(as.character(ex5$memorypar)) - 0.2) 

p <- ggplot(ex5,aes(x=tailindex , y=hillest)) +
   scale_x_discrete() +
   geom_jitter(aes(colour = memorypar, x = memorypar2), 
     position = position_jitter(width = .05), alpha = 0.5) +
   geom_boxplot(aes(colour = memorypar), outlier.colour = NA, position = dodge) +
   facet_wrap(~ process, nrow = 2)
p

【讨论】：

谢谢，我希望 ggplot2 中有一种优雅的方式，但这种解决方法可以完成所有工作。再次感谢！