使用 rpy2 在 Python 中保存 RData 工作区

Posted 2023-05-07

【中文标题】使用 rpy2 在 Python 中保存 RData 工作区

【英文标题】：save RData workspace in Python using rpy2

【发布时间】：2014-09-23 00:48:38

【问题描述】：

另一个与 rpy2 相关的问题是关于将弃用的 rpy 代码转换为其 rpy2 等效项。在我的 python 脚本中，我有一个 for 循环语句，它只是将输入传递给一系列矩阵。最后，我将其保存到 .RData 工作区以再次加载并再循环 2 次。

在rpy中，保存文件是这样写的：

#Save resulting RDATA workspace (.RDATA file)
rpy.r.save_image()

我试过了，没有成功

import rpy2.robjects as ro 
from rpy2robjects import r

ro.r.save_image()

另外，我还有另一个具有此功能的 python 脚本，我也尝试过使用 ro.r，但没有成功：

#Write out success variable rpy.r("success = TRUE") rpy.r("save(success,file='success.RData')")

如果有人知道如何翻译上述“rpy.r”。对 rpy2 等效性的陈述，我将不胜感激。

【参考方案1】：

如果使用 rpy2 加载保存的对象，您可以只使用 Python 的酸洗（相当于 R 的加载/保存 - 参见 http://pymotw.com/2/pickle/）： http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.4/html/robjects_serialization.html

否则试试：

from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')
base.save_image(<arguments here...>)

【讨论】：

我正在使用 ro.r.load() 来加载保存的对象。该语法似乎工作正常。但它将图像保存到我遇到问题的磁盘。我阅读了 robjects 序列化，但我没有关注它（这里是菜鸟）...您能提供一个工作示例吗？

完成（在答案中）。

谢谢@lgautier。此外，我发现并成功测试的另一个途径（对于那些希望知道的人）是 rpy_classic 也会将 save_image() 转换为 rpy2。在 rpy2 中给猫剥皮的许多不同方法。 :)