将眼动追踪 .edf 文件转换为 ASC/CSV 格式

Posted 2023-03-16

【中文标题】将眼动追踪 .edf 文件转换为 ASC/CSV 格式

【英文标题】：convert eye-tracking .edf file to ASC/CSV format

【发布时间】：2018-07-24 20:28:39

【问题描述】：

我有一份 .edf 格式的跟踪数据记录 (SR-RESEARCH eyelink)。我想在 python 中将其转换为 ASC/CSV 格式。我有 GUI 应用程序，但我想以编程方式（在 Python 中）进行。 我找到了 pyEDFlib 包，但找不到如何将眼动追踪 .edf 文件转换为 .asc 或 .csv 的示例。

最好的方法是什么？

谢谢

【问题讨论】：

.edf 文件中的数据是什么格式的？是文本还是二进制？

除非您只是为了学习目的而这样做，否则您将花费​​大量时间重新发明***。只需使用 sr-research 的转换器程序，然后将您的 python 编程时间花在解析 asc 文件上，您可以更轻松地看到您在做什么。您仍然可以从您的 python 脚本中调用转换脚本。如果没有，这里是他们程序的链接：download.sr-support.com/dispdoc/page25.html

@oren 你解决了吗？

@Bentaye 我自己编写了一些解析器，应该足以满足我的需求，谢谢！

pyEDFlib 适用于“欧洲数据格式”（脑电图数据文件）......您正在寻找“Eyelink 数据格式”（眼动追踪数据文件）。 pyEDFlib 不会帮助你。

【参考方案1】：

如果我信任这里的页面：http://pyedflib.readthedocs.io/en/latest，您可以通过这种方式遍历文件中的所有信号：

import pyedflib
import numpy as np

f = pyedflib.EdfReader("data/test_generator.edf")
n = f.signals_in_file
signal_labels = f.getSignalLabels()
sigbufs = np.zeros((n, f.getNSamples()[0]))
for i in np.arange(n):
    sigbufs[i, :] = f.readSignal(i)

pyEDFlib 库只是将文件读入 EdfReader 对象。 然后你只需要遍历并为每个行。

我假设signal_labels（在上面的代码中）将是一个包含所有标签的数组，所以用逗号分隔字符串

signal_labels_row = ",".join(signal_labels)

然后对每个信号做同样的事情，每个信号用 1 个逗号分隔的字符串

然后只需将它们写入文件。

我可以看到他们提供了一个示例，说明如何在此处读取文件并提取您需要的所有数据 https://github.com/holgern/pyedflib/blob/master/demo/readEDFFile.py

【讨论】：

EyeLink / SR Research EDF 文件与edfplus.info/specs/index.html 不兼容

【参考方案2】：

根据您的回答，我创建了这个 python3 脚本来将所有信号导出到多个 .csv 文件https://github.com/folkien/pyEdfToCsv

【讨论】：

@paszko 你能在自述文件中添加一些文档或示例吗？

添加示例到 repo。