将因子映射到 heatmap.2 中的颜色

Posted 2023-02-16

【中文标题】将因子映射到 heatmap.2 中的颜色

【英文标题】：Mapping factors to colors in heatmap.2

【发布时间】：2013-08-02 11:12:28

【问题描述】：

您好，我正在使用 heatmap.2 在 R 中制作热图。我想使用 RowSideColors 选项。但是，我不知道如何轻松地为行创建颜色向量。 这些行代表细菌，我有一个数据框，其中包含我想用于着色的细菌信息。我将使用 Bact_Phylo_Info$Phylum 或 k 来创建颜色矢量。

> str(Bact_Phylo_Info)
'data.frame':   33 obs. of  3 variables:
 $ Phylum: Factor w/ 7 levels "Actinobacteria",..: 4 3 3 2 2 2 2 2 5 5 ...
 $ Order : Factor w/ 10 levels "Bacteroidales",..: NA 4 4 1 1 1 1 1 NA 5 ...
 $ Family: Factor w/ 13 levels "Anaplasmataceae",..: NA 4 4 NA 11 2 11 12 NA NA ...

我已经尝试了一些东西，例如下面的疯狂循环，但我认为一定有一种我错过的简单方法。任何帮助表示赞赏。

BactPhyColors <- sapply(Bact_Phylo_Info$Phylum,
    if (Bact_Phylo_Info$Phylum == levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)[i]),
        rainbow(length(levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)))[i]

)

【参考方案1】：

如果我很好地理解了您尝试做的事情：您将一个变量编码为一个因素，然后您尝试将其转换为颜色？ 正在创建一些离散的刻度颜色吗？

这里我使用来自scales 包的brewer_pal 来创建啤酒调色板。然后将其与因子变量合并。

library(scales)
dat <- data.frame(Phylum = gl(7,2))
n <- nlevels(dat$Phylum)
dat.col <- data.frame(Phylum =unique(dat$Phylum),
            BactPhyColors =brewer_pal()(n))  ## you can also use rainbow(n)

merge(dat,dat.col)

merge(dat,dat.col)
   Phylum     BactPhyColors
1       1 #EFF3FF
2       1 #EFF3FF
3       2 #C6DBEF
4       2 #C6DBEF
5       3 #9ECAE1
6       3 #9ECAE1
7       4 #6BAED6
8       4 #6BAED6
9       5 #4292C6
10      5 #4292C6
11      6 #2171B5
12      6 #2171B5
13      7 #084594
14      7 #084594