将图案映射回参考序列中的多个站点

Posted 2021-04-07

我试图将数百个转录因子结合位点序列与我的参考序列比对。

例如，在下面的序列中，粗体是它映射到的两个TF结合位点。

CTGGCGCGTGATCAACTGGCCAATCATGGCATCTGTCATTGTGAGTATAACCTCACACCCGTACTTCTAAACACACAGACCAGCCTCATACTGTATGCATTATGTCAGGCAGG GAGGGATTCTGCCAGCAAAGCAGACGAGGGGATGTGCTGAGTCTCACAGACACTTTCCTGGATAAGACATGAATGCAGGCATGTCAGGAAGAGCAAGCAAACACGCTGTCC

当我尝试在snapgene中使用对齐函数时，输出显示TF序列映射到的一个站点。但是，当我手动ctrl + f搜索我的TF序列的匹配时，有两个站点（上面的粗体）与我的序列100％匹配，但它只能通过snapgene自动对齐或制成一个特征用于第一个匹配它遇到的网站，并没有为第二个网站做。我只是想知道是否有任何建议或平台（例如python，R）将多个短序列映射到参考序列，该参考序列能够注释参考序列上所有可能的比对位点？

答案

Bioconductor Biostrings vmatchPDict()可能在这种情况下运作良好;有关示例，请参阅帮助页面?vmatchPDict。