BLAST 数据库错误：找不到蛋白质数据库的别名或索引文件 [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr]

Posted 2023-02-16

【中文标题】BLAST 数据库错误：找不到蛋白质数据库的别名或索引文件 [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr]

【英文标题】：BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr]

【发布时间】：2022-01-20 06:36:49

【问题描述】：

我有以下错误：

Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 2 from ‘psiblast -out 7Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 2 from ‘psiblast -out 7NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, message ‘BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] in search path [/media/leon//Machine_learning_model_binding_free_energy_BFE_change_predictions/TopNetmAb/7NDB/features/7NDB_B_A_344_S::]’NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, message ‘BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] in search path [/media/leon//Machine_learning_model_binding_free_energy_BFE_change_predictions/TopNetmAb/7NDB/features/7NDB_B_A_344_S::]’

我从blast数据库下载了“nr”文件，并在目录[/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr]中创建了一个数据库链接。但错误仍然存​​在。

请问，谁能帮帮我？

【参考方案1】：

成功了！ 问题出在我解压 nr 文件的方式上。 以前我使用以下命令： $ formatdb -i nr.fa -p T

现在我使用了： $ makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot -out nr

问题解决了。