我无法安装任何 Bioconductor 软件包：“readRDS(dest) 中的错误：从连接读取错误”

Posted 2023-03-14

【中文标题】我无法安装任何 Bioconductor 软件包：“readRDS(dest) 中的错误：从连接读取错误”

【英文标题】：I can't install any Bioconductor package: "Error in readRDS(dest) : error reading from connection"

【发布时间】：2021-07-30 19:08:12

【问题描述】：

您好（这是我的第一条信息，如果有问题，我很抱歉），

我这几天一直有这个问题。我无法安装新软件包，我读过类似的 question 但在我的情况下，问题仅在我尝试安装新的 Bioconductor 软件包时出现（或者当我删除旧的尝试重新安装它）。 问题是我总是得到下一条消息的一些变化（在这个例子中我试图安装 ComplexHeatmap）：

BiocManager::install("ComplexHeatmap")

Bioconductor 版本 3.12 (BiocManager 1.30.13), R 4.0.0 (2020-04-24) 安装软件包“BiocVersion”、“ComplexHeatmap”也正在安装 依赖“shape”、“rjson”、“BiocGenerics”、“circlize”、 “GetoptLong”、“colorspace”、“clue”、“RColorBrewer”、“GlobalOptions”、 “png”、“Cairo”、“S4Vectors”、“IRanges”、“matrixStats”

无法打开网址 'https://bioconductor.org/packages/3.12/data/annotation/bin/windows/contrib/4.0/PACKAGES.rds'： HTTP状态是'404 Not Found'旧包：'installr'，'boot'， '类'，'集群'，'codetools'，'外国'，'KernSmooth'，'lattice'， 'MASS'、'Matrix'、'mgcv'、'nlme'、'nnet'、'spatial'、'survival' 更新 全部/一些/没有？ [a/s/n]：更新全部/部分/无？ [a/s/n]：

它告诉我我必须安装 X 包，所以我输入“a”然后发生这种情况：

readRDS(dest) 中的错误：从连接读取错误

第一次尝试后，我只收到第二条消息，直到我重新启动 R。

我试过了：

开始新的 Rscripts（或 Rmarkdowns）会话 删除所有包（直接删除文件夹） 卸载并重新安装 R 和 RStudio（尝试不同的版本，R 低至 4.0） 重启 R 和电脑

我尝试安装以前版本的 BiocManager，但无法安装。 一切都更新了。 非常感谢您的关注，非常感谢您的帮助。

【参考方案1】：

这是a known issue with BiocManager 1.30.13。通过运行以下命令安装开发版：

install.packages("devtools")    
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")

【讨论】：

成功了！！万分感谢。我不得不重新启动 R 几次以消除该消息，但它完成了。也感谢您提供的链接，非常有用。