Biopython NCBIWWW.qblast 测试文件 - 挂起

Posted 2023-03-23

【中文标题】Biopython NCBIWWW.qblast 测试文件 - 挂起

【英文标题】：Biopython NCBIWWW.qblast test file -hangs on

【发布时间】：2014-04-25 23:03:34

【问题描述】：

当我尝试运行 Biopython 提供的用于 NCBIWWW.qblast 在线搜索的测试文件时，它只是一直挂着，从不响应。当我尝试自己运行任何包含 NCBIWWW.qblast 的脚本时，也会发生同样的情况：它刚刚到达这一行并停止。不会发出任何错误消息，也不会收到任何结果，并且该过程永远不会以任何方式结束。

产生问题的脚本之一是：

from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle=qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')

可能是什么问题？

【参考方案1】：

这是完全错误的。可能是您的互联网连接丢失或服务器响应速度太慢。对于任何 NCBI 查询搜索，您都需要几分钟的时间才能得到响应。我很快就得到了响应，稍作改动再试一次，它应该也适合你：

>>> from Bio.Blast import NCBIWWW
>>> result_handle=NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')
>>> result_handle
<cStringIO.StringI object at 0x7f3b3cad6718>

它应该返回一个可以处理的对象！