安装生物信息学软件-Biopython

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了安装生物信息学软件-Biopython相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

其实好多东西装过好多次,然而每次都要翻文档,经常掉进前面掉进过的坑。。。所以这里重新写一份指南,以防下次再装又忘了(魂淡我并不想再装了啊不要立flag)

1. 安装biopython

1.1 因为biopython目前支持的是python2,所以我先把python调到2

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1.2 安装numpy (http://www.numpy.org/)

NumPy is the fundamental package for scientific computing with Python. It contains among other things:

  • a powerful N-dimensional array object
  • sophisticated (broadcasting) functions
  • tools for integrating C/C++ and Fortran code
  • useful linear algebra, Fourier transform, and random number capabilities

下载,解压,安装:

cd numpy-1.11.2

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好吧,问题来了。现在需要1.3

1.3 安装setuptools

sudo apt-get install python-setuptools

sudo apt-get install python-pip(顺手装了pip)

1.4 然而我会报错

RuntimeError: Running cythonize failed!

所以。。。换用这个命令:sudo apt-get install python-numpy

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显示安装成功。

1.5 安装Biopython

$ sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

1.6 检验

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以上是关于安装生物信息学软件-Biopython的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

如何用Python写生物信息学软件

安装生物信息学软件-R

安装生物信息学软件-MetaPhlAn2

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