安装生物信息学软件-R

Posted 2020-08-16 pxy7896

临时修改R包里的函数

trace(函数名, edit=TRUE)

取消修改：

untrace(函数名)

 

主要参考http://www.3fwork.com/b211/000091MYM021616/

Step 1 : 

sudo gedit /etc/apt/sources.list

添加到末尾

deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/

保存退出

Step 2: 下载公钥并更新

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9

sudo apt-get update

Step 3: 安装R

sudo apt-get install r-base

Step 4: 验证

 

R的安装位置：/usr/bin

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ubuntu中apt-get安装与默认路径

https://my.oschina.net/BearCatYN/blog/496957?p={{page}}

1.下载的软件存放位置
/var/cache/apt/archives

2.安装后软件默认位置
/usr/share

3.可执行文件位置
/usr/bin

4.配置文件位置
/etc

5.lib文件位置
/usr/lib

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更新：sudo apt-get build-dep r-cran-foo

安装：

#安装包

> install.packages(" ")

# 更新包

> update.packages(lib.loc = "/usr/local/lib/R/site-library")

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下载R的包

在shell输入

sudo R CMD INSTALL package.tar.gz

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查看已安装的包：

.packages(all.available=T)

查看包的路径：

.libPaths()

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包的加载：

library(pkg)
# hide load info which shows on the cmd
require(pkg, quietly = TRUE)

  一个包仅在启动一个新R会话的时候被加载，一旦加载，会一直存在R的工作空间中，直到R被重启或者其被分离detach

detach("package:pkg")

　　不同包内的同名函数，或者要调用未被加载的包内的函数：

pkg::func()

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