Graphviz：如何插入两个新的链接节点并最小化边缘交叉？

Posted 2023-03-12

【中文标题】Graphviz：如何插入两个新的链接节点并最小化边缘交叉？

【英文标题】：Graphviz: how to insert two new linked nodes and minimize edge crossings?

【发布时间】：2012-10-23 16:17:51

【问题描述】：

我有以下图表：

如您所见，有两个自然集群。我想找出一种方法将这些集群分成两个图表。

当然，关键步骤是计算正确的拆分。我想插入两个节点 n1 和 n2，链接它们 e(n1，n2)，然后移动它们，最大限度地减少边缘交叉的数量（当然将所有节点/边缘固定在它们所在的位置）。

有人可以在这里提供任何帮助吗？我不认为 graphviz 有任何东西可以让我做到这一点。

【问题讨论】：

+1 只是为了令人印象深刻的形象 :)

1.获取 88 个国家/地区的透明国际数据； 2.创建国家之间的距离矩阵；创建完整的图表。 3. 一个星球，两个不同的世界。

只是要清楚...您是否已经知道图形的聚类，您的问题是如何让 graphviz 更干净地布局图形，或者您的第一个问题是（算法上）找到聚类然后假设graphviz会产生更干净的布局？

我想自动化这些集群的发现，并递归地查看每个集群。问题是 graphviz 没有为我提供一种查看加权边缘交叉点的方法。

我多次阅读您的问题，但我不明白您在寻找什么：您想要两个单独的图表吗？还是一张图有两个集群？为什么你想要新的节点？如果你正在修复它们现在所在的节点/边缘 - 应该改变什么？

【参考方案1】：

我认为您在这里混合了两个不同的任务：一个是图表的分析，另一个是相同的可视化。

Graphviz，顾名思义，是一种图形可视化工具。可视化可以采用多种形式，通常是通过让这些节点彼此靠近并相互连接来“让它看起来不错”，从而减少 visual 边的长度。可以利用一些弹簧或重力模型来计算所有节点的最佳位置。其他选项包括圆形或外壳布局。

某种可视化不应该是分析图表的基础。图属性，如平均最短路径长度或聚类系数，独立于任何可视化。

你说你想“最小化边缘交叉的数量”。边缘交叉的数量是可视化的属性，而不是图形的属性！每次让 graphviz 计算布局时，它可能会发生变化，即使图形没有变化。谁说 2d 是您的图形的唯一可能表示形式？只添加一个维度，就不会出现任何边缘交叉。

我建议专注于图形分析。我不知道你是否知道NetworkX。他们有几十个Algorithms 来分析您的图表。您可能对 clustering 和 clique 部分感兴趣。