Python SciPy 需要 BLAS 吗？

Posted 2023-03-12

【中文标题】Python SciPy 需要 BLAS 吗？

【英文标题】：Does Python SciPy need BLAS?

【发布时间】：2011-11-21 17:33:18

【问题描述】：

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError: 
    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
    Directories to search for the libraries can be specified in the
    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
    the BLAS environment variable.

我需要从本网站下载哪个 tar？

我已经尝试过fortrans，但我一直收到这个错误（显然设置了环境变量之后）。

【问题讨论】：

所以问题是哪个版本适合您的系统从某个站点下载，但问题中既没有给出系统详细信息也没有给出站点？没有答案也就不足为奇了。

【参考方案1】：

如果您需要使用最新版本的 SciPy 而不是打包版本，而无需经历构建 BLAS 和 LAPACK 的麻烦，您可以按照以下步骤操作。

从存储库安装线性代数库（适用于 Ubuntu），

sudo apt-get install gfortran libopenblas-dev liblapack-dev

然后安装 SciPy，（下载 SciPy 源码后）：python setup.py install 或

pip install scipy

视情况而定。

【讨论】：

这对我有用，tks！虽然我不得不将 libopenblas-dev 更改为 libblas-dev (Ubuntu 10.04)。

非常适合我运行 Mint 13（精确分叉）。如果您使用 easy_install -U #update

，您需要单独下载源代码

它完美无缺。在我的情况下，我不必做任何不同的事情（ubuntu 12.0.4）

sudo apt-get install python-dev 已修复。 ***.com/a/21530768/125507

sudo yum install blas-devel lapack-devel 为我工作

【参考方案2】：

SciPy webpage 用于提供构建和安装说明，但现在那里的说明依赖于 OS 二进制发行版。要在没有所需库的预编译包的操作系统上构建 SciPy（和 NumPy），您必须构建并静态链接到 Fortran 库 BLAS 和 LAPACK：

mkdir -p ~/src/
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar xzf blas.tgz
cd BLAS-*

## NOTE: The selected Fortran compiler must be consistent for BLAS, LAPACK, NumPy, and SciPy.
## For GNU compiler on 32-bit systems:
#g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f                     # with g77
#gfortran -O2 -std=legacy -fno-second-underscore -c *.f    # with gfortran
## OR for GNU compiler on 64-bit systems:
#g77 -O3 -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f                     # with g77
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f    # with gfortran
## OR for Intel compiler:
#ifort -FI -w90 -w95 -cm -O3 -unroll -c *.f

# Continue below irrespective of compiler:
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o
export BLAS=~/src/BLAS-*/libfblas.a

只执行五个 g77/gfortran/ifort 命令之一。我已经注释掉了所有，但我使用的 gfortran。随后的 LAPACK 安装需要 Fortran 90 编译器，并且由于两个安装都应使用相同的 Fortran 编译器，因此不应将 g77 用于 BLAS。

接下来，您需要安装 LAPACK 的东西。 SciPy 网页的说明在这里也对我有帮助，但我必须修改它们以适应我的环境：

mkdir -p ~/src
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzf lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc          # On Linux with lapack-3.2.1 or newer
make lapacklib
make clean
export LAPACK=~/src/lapack-*/liblapack.a

2015 年 9 月 3 日更新： 今天验证了一些 cmets（感谢所有人）：在运行 make lapacklib 之前编辑 make.inc 文件并将 -fPIC 选项添加到 OPTS 和 NOOPT 设置。如果您使用的是 64 位架构或想要编译一个，还请添加 -m64。重要的是，在编译 BLAS 和 LAPACK 时将这些选项设置为相同的值。如果你忘记了-fPIC SciPy 实际上会给你一个关于缺少符号的错误，并且会推荐这个开关。 make.inc 的特定部分在我的设置中如下所示：

FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive -fPIC -m64
LOADER   = gfortran

在旧机器（例如 RedHat 5）上，gfortran 可能安装在旧版本（例如 4.1.2）中并且不理解选项 -frecursive。在这种情况下，只需将其从 make.inc 文件中删除即可。

Makefile 的 lapack 测试目标在我的设置中失败，因为它找不到 blas 库。如果你很彻底，你可以暂时将 blas 库移动到指定位置来测试 lapack。我是一个懒惰的人，所以我相信开发人员可以让它工作并仅在 SciPy 中进行验证。

【讨论】：

blas.tgz 中没有 libfblas。

为我工作，但我必须通过设置 OPTS = -O2 -fPIC 和 NOOPT = -O0 -fPIC 来编辑 make.inc 文件。

@jdborg 它现在显然被称为 liblapack.a

我必须在 make.inc 文件的 OPTS 和 NOOPT 设置中添加 -m64 选项。当然只有你们使用 64 位机器。

+1 非常感谢！另外，对于 scipy，我必须做 export LAPACK=~/src/lapack-3.5.0/ 而不是最后添加 libflapack.a。

【参考方案3】：

在 Fedora 上，这有效：

 yum install lapack lapack-devel blas blas-devel
 pip install numpy
 pip install scipy

记得安装 'lapack-devel' 和 'blas-devel' 除了 'blas' 和 'lapack' 否则你会得到你提到的错误或“numpy.distutils.system_info.LapackNotFoundError”错误。

【讨论】：

它说“blas-dev 的公钥..”未安装。 :(

@OlgaMu 使用“yum --nogpgcheck install blas-devel”

blas-static & lapack-static 在 Fedora 20 上对我来说是必需的。

谢谢！这在我的 AWS EC2 Amazon Linux 机器上对我有用。

这对虚拟环境不起作用，除非我使用 sudo 进行 pip 安装，否则它会失败。有什么想法吗？

【参考方案4】：

我猜你说的是在 Ubuntu 中安装。只需使用：

apt-get install python-numpy python-scipy

这也应该负责 BLAS 库的编译。否则，编译 BLAS 库非常困难。

【讨论】：

@V3ss0n，构建 BLAS 和 LAPACK 是出了名的困难。从头开始编译和安装内核比编译这两个该死的软件包要容易得多。

@Coder，我想出了如何在我的 Debian 机器上执行此操作。也应该适用于 Ubuntu。看看这个：ydevel.tumblr.com/post/37462965735/… [免责声明：我是帖子的作者]

@NicholasMancuso 这确实很困难，但我设法构建了整个 python（可重定位）+ Lapack + ATLAS（比 BLAS 更好） Scipy、Scikit、Maplotlib、NetworkX 和许多其他 C 依赖项。我的整个运行时文件夹现在 900 MB（也包括 Python、Perl、Java）哈哈。但这使我的项目完全重新定位，并在一个文件夹中拥有自己的运行时。让我知道你是否需要它。比 Virtualenv 好多了。

@yatisagade，@Coder，确实，您需要能够使用pip install scipy 或在虚拟环境中从源代码构建它。

【参考方案5】：

对于 Windows 用户，Chris 提供了一个不错的二进制包（警告：下载量很大，191 MB）：

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy-stack

【参考方案6】：

按照“cfi”给出的说明对我有用，尽管他们遗漏了一些您可能需要的部分：

1) 你的 lapack 目录，解压后可能会叫 lapack-X-Y（一些版本号），所以你可以把它重命名为 LAPACK。

cd ~/src
mv lapack-[tab] LAPACK

2) 在该目录中，您可能需要执行以下操作：

cd ~/src/LAPACK 
cp lapack_LINUX.a libflapack.a

【参考方案7】：

尝试使用

sudo apt-get install python3-scipy