什么是基因注释？

Posted 2023-05-13

基因组注释 是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释。

基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。从基因组序列预测新基因,现阶段主要是3 种方法的结合：

（1）分析mRNA 和EST数据以直接得到结果；

（2）通过相似性比对从已知基因和蛋白质序列得到间接证据；

（3）基于各种统计模型和算法从头预测。

对预测出的基因进行高通量功能注释可以借助于以下方法,利用已知功能基因的注释信息为新基因注释：

（1）序列数据库相似性搜索；

（2）序列模体搜索；

（3）直系同源序列聚类分析。

扩展资料：

基因注释重大突破：

1、中国科学院水生生物研究所葛峰研究员学科组利用蛋白基因组学的研究策略和方法，成功对单细胞光合真核生物三角褐指藻的基因组进行了深度注释，完成了三角褐指藻的蛋白质组精细图谱，并建立了完整的真核生物基因组深度注释实验技术和分析流程。

该研究成果的取得，有望进一步推动蛋白基因组学在生命和健康领域特别是精准医学方面的应用。

2、美国加州大学旧金山分校研究人员发现，GABP蛋白的一种特定成分GABP-β1L，是与端粒酶逆转录酶（TERT）启动子突变相关的胶质母细胞瘤细胞不受控制地分裂、繁殖的关键。

他们10日在《肿瘤细胞》杂志上发表论文称，新发现提供了一个很有前途的用药靶点，对未来胶质母细胞瘤及其他多种与TERT启动子突变相关癌症的治疗具有重要意义。

参考资料来源：百度百科-基因组注释

参考技术A

答：“基因”为英语“gene”的音译，是DNA（脱氧核糖核酸）分子中含有特定遗传信息的一段核苷酸序列的总称，是具有遗传效应的DNA分子片段，是控制生物性状的基本遗传单位，是生命的密码，记录和传递着遗传信息。所有的基因都由4种碱基组成。

地球生物包括动物、植物、微生物，数量巨大，种类繁多，形态各异，生存环境和生活习性各不相同，这都是由基因控制的。“种瓜得瓜、种豆得豆”是人们对这种现象的高度概括，即物种的生物学特征和特性是由基因决定的，是可以遗传的。一个基因编码一个蛋白质，蛋白质的功能决定生物体所表现出来的特征特性。

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参考技术B 基因组测序只能测出整个DNA的碱基对排列顺序，不能直接测出DNA上的基因及其功能，必须通过生物信息学方法，结合蛋白组学、转录组学，对测出来的序列进行分析，将基因及其功能加以挖掘、注释，这称作基因注释。追问

现在有关基因的研究，是不是都要结合生物信息学的知识？

追答

是的，因为基因本质上就是一种信息，没有什么生物功能（生物功能是蛋白质来体现的），所以研究基因必须结合生物信息学。

本回答被提问者采纳

绘制差异基因kegg注释图

参考技术A “差异基因kegg注释图”是转录组分析结果的重要组成部分，能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路，文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异，一定会为你的文章增色不少。

下面给大家介绍一下如何在Windows下对差异基因进行kegg注释。

一、输入数据准备：

首先要准备的是各比较组（比如CK1比上Treat1）的差异基因列表，一般公司做完的标准分析结果里已经包含这部分内容了，通常在“DEG_Analysis”文件夹里，我们用到的信息是“ 基因ID ”和“ regulated ”（up代表上调，down代表下调）两列，如下图所示的第一列和最后一列：

接下来需要添加一列，将“regulated”里的“up”标记成“red”，“down”标记成“green”，这样后面做出来的kegg注释图里上调基因就会显示为红色，下调基因显示为绿色。具体方法是在第三列插入一个“ if ”函数，当第二列值为“up”时输出“red”，否则输出“green”，参数设置详见下图：

这样C2单元格就会显示为“red”，双击该单元格右下角，这样C列就都按上面的规则填充好了，如下图所示：

二、在作图网站填入数据：

打开网站：https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

按照下方设置好参数，并将第一步准备好的Excel表里的第一和第三列数据粘贴进去（注意：Excel表的 第一行 和 第二列 都不用粘贴），点击左下角的“exec”按钮开始运算。根据您提交的基因数量，等待一小段时间结果就出来了：

注释到的代谢通路结果，按数量排序：

点击其中的代谢通路链接，就能够看出该代谢通路中哪些基因上调、哪些基因下调了。

好的，这样差异基因的kegg注释就完成了。掌握之后，便可在几分钟之内做任意差异基因列表的kegg注释图而不用找公司了！

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