转录组scatter plot 散点图和ma plot有啥区别

Posted 2023-04-24

参考技术A 差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是。R分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的Bioconductor包是limma。

鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是。R分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的Bioconductor包是limma。本回答被提问者采纳

cufflinks基于dataframe数据绘制线图（line plot）散点图（scatter plot）

cufflinks基于dataframe数据绘制线图（line plot）、散点图（scatter plot）

# cufflinks绘制线图（line plot）

from chart_studio import plotly as py
import cufflinks as cf
import pandas as pd
import numpy as np

cf.set_config_file(offline=True, theme=\'ggplot\')


N = 500
x = np.linspace(0, 1, N)
y = np.random.randn(N)
df = pd.DataFrame({\'x\': x, \'y\': y})
df.set_index(\'x\',inplace=True)

df.iplot(kind=\'scatter\', filename=\'cf_line.html\')