标准化率（standardized rate）R实现
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了标准化率（standardized rate）R实现相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A标化率 ，全称是 标准化率（standardized rate） ，是流行病学中常见的一个指标，当几个比较组之间的年龄、性别等变量的构成不同时，此时直接比较组间的粗率（crude rate）容易导致偏倚，通常需要对率做标准化（standardization）后再比较。
标化率中心思想 ：利用某一指定的标准人口构成，消除不同地区在人口构成指标（年龄、性别等）方面的差别，即计算按标准人口构成校准后的总率。标准人口应该选择有代表性的、较稳定的、数量较大的人群，如全国、全世界、全省的人口为标准人口，时间也最好与被标化资料一致或接近。
标准化率的方法 ：主要有两种，即直接法和间接法。
直接法 是根据一个标准人口（如全国、全省人口或合并人口等）构成，重新计算各组的预期率，从而得到标准化率。直接法需要已知各组的人口构成和相应的率（如患病率、死亡率等），以及标准人口构成。
间接法 是根据标准患病率（或死亡率、发病率等）及各组的人口构成来计算预期率，从而得到标准化率。间接法需要已知各组的人口构成以及标准人口患病率（或死亡率、发病率等）。
要点 ：
注：
总标准死亡率=标准人口年龄构成（即年龄组别占比）× 各年龄组别标准死亡率
总预期死亡率=各年龄组别标准死亡率 × 实际人口年龄构成
假设某地区5个年龄组的HIV感染人数与对应年龄组的人口数。计算该地区的HIV的年龄标化率。
case/pop=CrudeRate;可以通过 mutate 来计算
首先需要通过 standard_pop标准人口来计算各个年龄组的比例，这个standard_pop可以根据某省或者WHO的标准，主要目的是获取不同年龄组所占总人口比例。
(1) 计算各年龄组的人数proportion
prop.table 可以计算年龄组的proportion；确保proportion 总和为1。
(2) 计算年龄组调整的率
只需将每个年龄组的原始 case 乘以该年龄组的 proportion 即可。 （由于proportion均小于1，因此HIV的年龄标化率是各个年龄组调整后的累计效应）
根据该计算方式；可以得出 CrudeRate =166.0874; Adjust_rates=143.9176
借助于 epitools ：
这里增加了一列数据standard_pop人口的各个感染病例数：standard_case；这样就相当于两个地区各年龄组都有HIV的发病数。合并两个地区的pop计算调整的年龄标化率。
参考阅读 ：
(1) 标准化率
(2) R 计算年龄标化率（Age Adjusted Rates）
(3) Age Adjusted Rates - Steps for Calculating
Non-standard serial port baud rate setting
////combuad_recv.cpp #include <stdio.h> /*标准输入输出定义*/ #include <stdlib.h> /*标准函数库定义*/ #include <unistd.h> /*Unix 标准函数定义*/ #include <sys/types.h> #include <sys/stat.h> #include <fcntl.h> /*文件控制定义*/ #include <termios.h> /*PPSIX 终端控制定义*/ #include <errno.h> /*错误号定义*/ #include <string.h> #include <sys/ioctl.h> #include <linux/serial.h> #define FALSE -1 #define TRUE 0 /* 设置串口 最基本的设置串口包括波特率设置，效验位和停止位设置。 串口的设置主要是设置 struct termios 结构体的各成员值。 struct termio { unsigned short c_iflag; // 输入模式标志 unsigned short c_oflag; // 输出模式标志 unsigned short c_cflag; // 控制模式标志 unsigned short c_lflag; // local mode flags unsigned char c_line; // line discipline unsigned char c_cc[NCC]; // control characters }; */ /** *@brief 设置串口通信速率 *@param fd 类型 int 打开串口的文件句柄 *@param speed 类型 int 串口速度 *@return void */ static int speed_arr[] = { B200, B300, B600, B1200, B1800, B2400, B4800, B9600, B19200, B38400, B57600, B115200, /*B200000,*/ B230400 }; static int name_arr[] = { 200, 300, 600, 1200, 1800, 2400, 4800, 9600, 19200, 38400, 57600, 115200, /*200000,*/ 230400 }; static int set_speed(int fd, int speed) { int i; int status; struct termios Opt; int baud_rate; tcgetattr(fd, &Opt); for (i = 0; i < sizeof(speed_arr)/sizeof(int); i++) { if(speed == name_arr[i]) { baud_rate = speed_arr[i]; if(baud_rate <= B38400) { cfsetispeed(&Opt, baud_rate); cfsetospeed(&Opt, baud_rate); } else { Opt.c_cflag |= CBAUDEX; baud_rate -= 4096;/*baud_rate取值为1 ~ 5,分别对应B57600/B115200/B3000000/B6000000/B12000000*/ cfsetispeed(&Opt, baud_rate); cfsetospeed(&Opt, baud_rate); } tcflush(fd, TCIOFLUSH); cfsetispeed(&Opt, speed_arr[i]); cfsetospeed(&Opt, speed_arr[i]); status = tcsetattr(fd, TCSANOW, &Opt); if (status != 0) { perror("tcsetattr fd"); return FALSE; } tcflush(fd,TCIOFLUSH); return TRUE; } } fprintf(stderr, "Unsupported speed\n"); return FALSE; } // uart_set_info // 设置为特诉波特率，比如200000 int set_speci_baud(int fd, int baud) { struct serial_struct ss, ss_set; struct termios Opt; tcgetattr(fd, &Opt); cfsetispeed(&Opt, B38400); cfsetospeed(&Opt, B38400); tcflush(fd, TCIFLUSH);/*handle unrecevie char*/ tcsetattr(fd, TCSANOW, &Opt); if((ioctl(fd, TIOCGSERIAL, &ss)) < 0) { printf("BAUD: error to get the serial_struct info:%s\n", strerror(errno)); return -1; } ss.flags = ASYNC_SPD_CUST; ss.custom_divisor = ss.baud_base / baud; if((ioctl(fd, TIOCSSERIAL, &ss)) < 0) { printf("BAUD: error to set serial_struct:%s\n", strerror(errno)); return -2; } ioctl(fd, TIOCGSERIAL, &ss_set); printf("BAUD: success set baud to %d,custom_divisor=%d,baud_base=%d\n", baud, ss_set.custom_divisor, ss_set.baud_base); return 0; } /** *@brief 设置串口数据位，停止位和效验位 *@param fd 类型 int 打开的串口文件句柄 *@param databits 类型 int 数据位 取值 为 7 或者8 *@param stopbits 类型 int 停止位 取值为 1 或者2 *@param parity 类型 int 效验类型 取值为N,E,O,,S */ static int set_parity(int fd, int databits, int stopbits, int parity) { struct termios options; if(tcgetattr( fd,&options) != 0) { perror("SetupSerial 1"); return(FALSE); } options.c_cflag &= ~CSIZE; switch (databits) /*设置数据位数*/ { case 7: options.c_cflag |= CS7; break; case 8: options.c_cflag |= CS8; break; default: fprintf(stderr,"Unsupported data size\n"); return (FALSE); } switch (parity) { case ‘n‘: case ‘N‘: options.c_cflag &= ~PARENB; /* Clear parity enable */ options.c_iflag &= ~INPCK; /* Enable parity checking */ break; case ‘o‘: case ‘O‘: options.c_cflag |= (PARODD | PARENB); /* 设置为奇效验*/ options.c_iflag |= INPCK; /* Disnable parity checking */ break; case ‘e‘: case ‘E‘: options.c_cflag |= PARENB; /* Enable parity */ options.c_cflag &= ~PARODD; /* 转换为偶效验*/ options.c_iflag |= INPCK; /* Disnable parity checking */ break; case ‘S‘: case ‘s‘: /*as no parity*/ options.c_cflag &= ~PARENB; options.c_cflag &= ~CSTOPB; break; default: fprintf(stderr,"Unsupported parity\n"); return (FALSE); } /* 设置停止位*/ switch (stopbits) { case 1: options.c_cflag &= ~CSTOPB; break; case 2: options.c_cflag |= CSTOPB; break; default: fprintf(stderr,"Unsupported stop bits\n"); return (FALSE); } // important options.c_cflag |= CLOCAL | CREAD; options.c_lflag &= ~(ICANON | ECHO | ECHOE | ISIG); options.c_oflag &= ~OPOST; options.c_iflag &= ~(BRKINT | ICRNL | INPCK | ISTRIP | IXON); /* Set input parity option */ if (parity != ‘n‘) options.c_iflag |= INPCK; tcflush(fd, TCIFLUSH); options.c_cc[VTIME] = 10; /* 设置超时*/ options.c_cc[VMIN] = 0; /* Update the options and do it NOW */ if (tcsetattr(fd, TCSANOW, &options) != 0) { perror("SetupSerial 3"); return (FALSE); } return (TRUE); } static int open_dev(const char *dev) { int fd = open(dev, O_RDWR); //| O_NOCTTY | O_NDELAY if (-1 == fd) { perror("can‘t open serial port"); return -1; } else { return fd; } } ssize_t Read1(int fd, char *ptr) { static int read_cnt = 0; static char *read_ptr = NULL; static char read_buf[1024]; if (read_cnt <= 0) { again: if (-1 == (read_cnt = read(fd, read_buf, sizeof(read_buf)))) { if (EINTR == errno) { fprintf(stdout, "[lgw] we received a int signal. \n"); goto again; } return -1; } else if (0 == read_cnt) { return 0; } read_ptr = read_buf; } --read_cnt; *ptr = *read_ptr++; return 1; } int main(int argc, char *argv[]) { int fd; int band_rate; int uart_init_interval_second; char *dev; int cnt = -1, i = 0; unsigned char recv_buff[512] = { 0 }; char c; if(4 != argc) { printf("Usage: %s <rs232_dev> <band_rate> <uart_init_interval_second>\n", argv[0]); return -1; } dev = (char *)argv[1]; band_rate = atoi((char *)argv[2]); uart_init_interval_second = atoi((char *)argv[3]); /* if((fd = open_dev(dev)) < 0) { printf("can‘t open port %s \n", dev); return -1; } */ if((fd = open_dev(dev)) < 0) { printf("can‘t open port %s \n", dev); return -1; } else { if(set_speci_baud(fd, band_rate) < 0) //if(set_speci_baud(fd, 500000) < 0) { printf("Set Speed Error set_speci_baud: %d\n",band_rate); close(fd); return -1; } sleep(uart_init_interval_second); // if(set_speed(fd, 115200) < 0) // { // printf("Set Speed Error set_speed\n"); // return -1; // } if(set_parity(fd, 8, 1, ‘N‘) < 0) { printf("Set Parity Error\n"); close(fd); return -1; } sleep(uart_init_interval_second); } while(1){ if(1 == Read1(fd, &c)) { fprintf(stderr, "c[%c] = 0x%02x \n", c, (unsigned char)c); } } close(fd); return 0; }
以上是关于标准化率（standardized rate）R实现的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
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