vcf-tools 笔记

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了vcf-tools 笔记相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

vcf-query:

通过 vcf-query 提取DP (reads depth).

~/zengs/Tools/vcftools/perl/vcf-query -f ‘%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/DP\n‘ my.vcf | awk ‘{if($1==1) print  $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5 }‘  > my.vcf.DP

  

以上是关于vcf-tools 笔记的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

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