包--R In Action

Posted 2020-08-04 大叔聚

1.4 包
R提供了大量开箱即用的功能，但它最激动人心的一部分功能是通过可选模块的下载和安装
来实现的。目前有2500多个①称为包（package）的用户贡献模块可从http://cran.r-project.org/
web/packages下载。这些包提供了横跨各种领域、数量惊人的新功能，包括分析地理数据、处理
蛋白质质谱，甚至是心理测验分析的功能。本书中多次使用了这些可选包。
1.4.1 什么是包
包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录
称为库（library）。函数.libPaths()能够显示库所在的位置， 函数library()则可以显示库中
有哪些包。
R自带了一系列默认包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats
以及methods），它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。其他包可通过下载来进行安装。安装
好以后，它们必须被载入到会话中才能使用。命令search()可以告诉你哪些包已加载并可使用。
1.4.2 包的安装
有许多R函数可以用来管理包。第一次安装一个包，使用命令install.packages()即可。
举例来说，不加参数执行install.packages()将显示一个CRAN镜像站点的列表，选择其中一
个镜像站点之后，将看到所有可用包的列表，选择其中的一个包即可进行下载和安装。如果知道
自己想安装的包的名称，可以直接将包名作为参数提供给这个函数。例如，包gclus中提供了创
建增强型散点图的函数。可以使用命令install.packages("gclus")来下载和安装它。
一个包仅需安装一次。但和其他软件类似，包经常被其作者更新。使用命令update.packages()
可以更新已经安装的包。要查看已安装包的描述，可以使用installed.packages()命令，这
将列出安装的包，以及它们的版本号、依赖关系等信息。
1.4.3 包的载入
包的安装是指从某个CRAN镜像站点下载它并将其放入库中的过程。要在R会话中使用它，
还需要使用library()命令载入这个包。例如，要使用gclus包，执行命令library(gclus)
即可。当然，在载入一个包之前必须已经安装了这个包。在一个会话中，包只需载入一次。如果
需要，你可以自定义启动环境以自动载入会频繁使用的那些包。启动环境的自定义在附录B中有
详细描述。
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① 截至本书中文版面世时，已超过4000个。——译者注
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1.4.4 包的使用方法
载入一个包之后，就可以使用一系列新的函数和数据集了。包中往往提供了演示性的小型数
据集和示例代码，能够让我们尝试这些新功能。帮助系统包含了每个函数的一个描述（同时带有
示例），每个数据集的信息也被包括其中。命令help(package="package_name")可以输出某
个包的简短描述以及包中的函数名称和数据集名称的列表。使用函数help()可以查看其中任意
函数或数据集的更多细节。这些信息也能以PDF帮助手册的形式从CRAN下载。