TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法

Posted 2022-11-19 aipufu

 

肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas，TCGA) 计划是由美国国家癌症研究院（National Cancer Institute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）于2006年联合启动的项目，目前共计研究33种癌症类型。

 

TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术，从基因组、表观遗传组、转录组、蛋白质组等多个层析解析癌症的分子机制。最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的图谱以提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力。作为目前最大的癌症基因信息的数据库，TCGA蕴藏着难以想象的宝贵信息。

 

通过整合分析TCGA数据库中33种癌症的基因组、表观遗传组、转录组和蛋白质组等多组学数据，AIPuFu平台（www.aipufu.com）开发了各种相应的免费应用，能帮助用户深度挖掘多种癌症的多组学数据，探究肿瘤发生发展的分子机制（更多精彩请关注微信公众号：AIPuFuBio）。

 

目前，AIPuFu平台提供的TCGA数据挖掘应用有：

1、《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-507.html

 

 

2、《查询各种癌症与对照中基因的甲基化差异情况（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-504.html

 

 

3、《查询各种癌症与对照中基因的差异表达情况（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-503.html

 

 

4、《查询各类肿瘤中两个蛋白的表达水平相关性（CPTAC或TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-394.html

 

 

5、《查询各类癌症中不同类型基因变异情况总结（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-386.html

 

 

6、《绘制各类肿瘤中给定基因/miRNA的表达或甲基化热图（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-376.html

 

 

7、《查询各类肿瘤中基因表达或甲基化水平相关性最高的前15个基因（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-374.html

 

 

8、《查询各类肿瘤与正常组织中基因的甲基化差异情况（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-363.html

 

 

9、《查询各类肿瘤与正常组织中基因的表达差异情况（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-362.html

 

 

10、《查询各类肿瘤中两个基因启动子区域的甲基化水平相关性（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-361.html

 

 

11、《查询各类肿瘤与对照的基因表达或miRNA表达火山图（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-358.html

 

 

12、《查询各类肿瘤中基因的甲基化与表达水平之间的相关性（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-357.html

 

 

13、《查询各类肿瘤中基因突变的转换和颠换比率情况（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-356.html

 

 

14、《查询各类肿瘤中基因突变与病人生存时间的关系（生存曲线，TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-353.html

 

 

15、《查询各类肿瘤中基因突变对蛋白功能域的影响（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-351.html

 

 

16、《查询各类肿瘤中不同基因突变类型在临床分期中的分布（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-350.html

 

 

17、《查询各类肿瘤中突变在基因上的分布及影响（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-349.html

 

 

18、《查询各类肿瘤中不同基因突变之间的互斥和共现关系（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-348.html

 

 

19、《绘制不同肿瘤中给定基因/miRNA的表达或甲基化热图（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-347.html

 

 

20、《查询各类肿瘤中两个基因/miRNA的表达或甲基化相关性（TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-345.html

 

 

21、《查询各类肿瘤中病人生存时间与基因表达的关系（生存曲线，TCGA数据）》

地址：http://www.aipufu.com/goods-343.html

 

 

使用示例：

《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）》

 

一、首先可通过两种不同方式找到如下产品：

1、首页（www.aipufu.com）-->所有产品分类-->动物-->人-->TCGA-各类肿瘤数据-->查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）；

2、首页（www.aipufu.com）-->搜索框-->输入相关的关键词“TCGA”-->查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）。

产品地址：http://www.aipufu.com/goods-507.html

 

二、功能和使用方法

产品功能：《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）》产品利用TCGA数据集中肿瘤的各种临床信息，绘制特定肿瘤中选定属性（如年龄、性别、种族、分期等）的生存曲线。

 

使用方法：

1、设置参数：

(i) 在“TCGA肿瘤”中选择您感兴趣的一种肿瘤，有33种肿瘤可供选择，示例中选择了BRCA(Breast invasive carcinoma,乳腺浸润性癌)； 

(ii)在“标题”处输入您想在图中显示的标题，示例中为BRCA； 

(iii) 在“属性”中选择您感兴趣的层面，有age（年龄），gender（性别），race（人种）和stage（临床分期）四个层面可供选择，示例中为stage； 

(iv)在“时间单位”处选择一种您想要您想在图中使用的病人生存时间单位，目前仅支持month（月），示例中选择了month；

(v)在“时间范围(month)”中选择您想在图中显示的病人生存时间范围，有60，120，240和不限四种选择，示例中选择了120；

(vi)若您勾选了“发送到邮箱”，结果将会同时发送到您的邮箱。

(vii)单击“立即运行”，结果图片将在下方显示。

具体如下图所示：

 

 

2、上面的参数设置运行的结果如下图所示，结果显示了乳腺癌中四个临床分期的患者的生存时间存在显著差异（P-value=2.28e-19）。您可在右上角“下载图片”处下载该结果的PDF文件，从而可进一步转换为jpg、tiff、png等其他格式。