绘制热图

Posted 2022-03-23 lhsguaigege

 具体热图参数见此网站：https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f

数据格式：基因芯片信息，GSM样本号，Case为探针编码

 

rm(list = ls())
getwd()
#row.names=1 指定第一列为行名
a=read.csv("for_heatmap.csv",row.names = 1)

# 输入必须为矩阵
a<-as.matrix(a)
heatmap(a)

　　

# 使用pheatmap来绘制热图
install.packages("pheatmap")
#使用双冒号作用来指定包
pheatmap::pheatmap(a)

　　

R语言中双冒号的作用是？

回答一：要使用某个包里的函数，通常做法是先加载（library）包，再调用函数。最新加载的包的namespace会成为最新的enviroment，某些情况下可能影响函数的结果。而package name::functionname的用法，一是可以在需要用某个函数时临时直接加载包，不用事先library。另一点更重要的是尽可能减少library带来的附带作用，这一点在开发R包时影响较大。而这种写法的副作用，是会稍微慢上那么几毫秒，在需要反复循环使用一个函数时对效率有影响，其他时候除了写起来麻烦一点，基本没有显见的副作用。

回答二：我常用的就是当有多个包下有同一名字函数时，可以用：：指定包