|chromosomal walk |zoo blot|鉴定CDS

Posted 2022-02-01 yuanjingnan

5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因（CDS）

鉴定功能性基因的流程是：1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域；2.在这段序列中选择一条短序列，寻找满足两个条件的基因（条件一：因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因，所以它必须有可读框；条件二：因为功能性基因是保守的，所以它必须是种间同源的。）；3.使用zoo blot（动物基因组印记杂交），将待测序列作为探针，与种属基因组中的生物基因进行杂交，能够互补的探针即作为外显子候选片段。4.对该片段进行测序，确定是否有可读框5.若有可读框，就能在外显子中定位出该基因（gene mapping）。现在该流程已封装在基因芯片中。最后可在全基因组中找到该基因的同源序列。

随着人类基因组计划完成，可以通过高分辨率的SNP和基因组序列图找到患病基因。

所以，现在的流程是：

1.连锁分析（分析家系）2.染色体步查chromosomal walk （每个个体，RELP，限制图，然后mapping，找到该基因以及该基因的缺失）3.zoo blot（因为exon的保守性） 4.cDNA杂交（因为cDNA是mRNA反转录得到，所以可以得到mRNA情况（因为mRNA中只有外显子），所以进而得到外显子和内含子情况）

 

因为有时出现基因缺失，为了明确正常基因的exon，所以采用外显子捕获（exon trapping）技术，捕获目标基因。

首先将找到符合（exon-intron-exon）结构的突变基因A转染细菌已达到扩增的目的，采用符合（intron-exon-intron）结构的基因组片段B，因为把酶切位点定在B和A的intron上，所以B放入exon两端可以被自动识别，此时进行PCR时发现扩增序列中含有此exon（因为此时完整序列中已含有该exon），则达到捕获的目的。

 

 

目前，可以使用mRNA大规模测序然后mapping得到exon鉴定。