比对工具之 BWA 使用方法
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了比对工具之 BWA 使用方法相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
BWA算法简介:
- BWA-bactrack
- BWA-SW
- BWA-MEM
BWA安装:
# installing BWA tar jxf ~/software/bwa-0.7.10.tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-0.7.10/ make echo ‘PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10‘ >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
BWA使用步骤:
- 使用BWA构建参考基因组的index数据库
- BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少)
具体命令:
# 创建运行目录并进入 mkdir -p ~/train/05.reads_aligment/bwa cd 05.reads_aligment/bwa/ # 为原始数据创建软链接,方便数据处理 ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/genome.fasta ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_variants_calling/F2-19.?.fastq ./ # 创建参考基因组的索引 bwa index genome.fasta -p genome # 比对创建sam文件 bwa mem -t 4 genome F2-19.1.fastq F2-19.2.fastq > F2-19.mem.sam
参考资料:
NGS生物信息分析 V4.2
以上是关于比对工具之 BWA 使用方法的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章