比对工具之 BWA 使用方法

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了比对工具之 BWA 使用方法相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

BWA算法简介:

  • BWA-bactrack
  • BWA-SW
  • BWA-MEM

BWA安装:

# installing BWA
tar jxf ~/software/bwa-0.7.10.tar.bz2 -C /opt/biosoft/
cd /opt/biosoft/bwa-0.7.10/
make
echo PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10 >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

BWA使用步骤:

  1. 使用BWA构建参考基因组的index数据库
  2. BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少)

具体命令:

# 创建运行目录并进入
mkdir -p ~/train/05.reads_aligment/bwa
cd 05.reads_aligment/bwa/

# 为原始数据创建软链接,方便数据处理
ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/genome.fasta
ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_variants_calling/F2-19.?.fastq ./

# 创建参考基因组的索引
bwa index genome.fasta -p genome

# 比对创建sam文件
bwa mem -t 4 genome F2-19.1.fastq F2-19.2.fastq > F2-19.mem.sam

 

 

参考资料:

BWA官方网站

NGS生物信息分析 V4.2

以上是关于比对工具之 BWA 使用方法的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

比对软件BWA使用

【bwa mem比对问题汇总】

比对记录align bwa bowtie soap

NGS中的一些软件功能介绍

BWA/BWT 比对软件

bwa比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明