【bwa mem比对问题汇总】

Posted 2023-03-16

参考技术A 方法一(这种方法我在使用后依旧报错)：

方法二 使用repair.sh进行修复：(使用这种方法后fastq文件变小，可能是合并部分文件造成的。
此外， fastq.gz也可以，另外就是记得输出文件要和源文件命名不同，以防覆盖。

NGS数据比对之BWA

参考技术A

BWA 主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。由三种类似算法组成：BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。

BWA-backtrack：reads长度<70bp时，推荐本算法，建议输入reads长度 < 100bp。
BWA-SW：在reads具有频繁的gap时，比对更敏感，推荐本算法。reads长度一般为70bp-1Mbp，支持long-reads，split alignment。
BWA-MEM(首推)：在reads长度在70bp-1Mbp范围时，推荐本算法(除了上面两种情况)。支持long-reads，split alignment。

BWA使用说明 使用手册

语法
bwa index ref.fa #首先建立基因组索引
bwa mem ref.fa reads.fq > aln-se.sam # 调用BWA-MEM
bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam # 调用BWA-MEM
bwa aln ref.fa short_read.fq > aln_sa.sai # 调用BWA-backtrack
bwa samse ref.fa aln_sa.sai short_read.fq > aln-se.sam # 调用BWA-backtrack
bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam # 调用BWA-backtrack
bwa bwasw ref.fa long_read.fq > aln.sam # 调用BWA-SW
注意：BWA输入的是fastq/fq的原始测序数据。

bwa的使用需要两个 输入文件 ：
Reference genome data 和 Short reads data

根据reference genome data 建立 Index File

构建索引时需要注意的问题：bwa构建索引有三种算法，三种算法都是基于BWT的，这三种算法通过参数
-a is 、－a div和-a bwtsw进行选择。其中-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的，必须要大于等于10Mb；-a is（效果和-a div是一样的）是默认参数，这个参数不适用于大的参考序列，必须要小于等于2G。

需要参考基因组以及原始fastq文件，输出sam文件格式

read包含:

FLAG字段中的定义为:

BWA生成以下可选字段。以“X”开头的标签是特定于BWA的。

使用bwa完成比对后，用samtools完成BAM格式转换、排序并标记PCR重复序列。

例子：利用 SRR1770413 ， 见WES数据处理之寻找突变GATK

以上为BWA比对流程，排序，标记等