match|align|identify|cover_rate
Posted yuanjingnan
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align是仅仅是存在而已，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是T，也是align上了
而没有align是指并不存在，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是没有，这就是没有align上
可见下图中粉色部分，粉色区域就是align上的部分
与align相对应的rate就是cover_rate也就是align_rate，align_rate是【粉色部分/target gene的length（也就是OPN1sw2_gal的length）】
mismatch是存在但是序列单个值不一样，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是T，则是mismatch
match是存在且序列单个值也一样，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是A，则是match,
与match相对应的rate就是identify，是用match_len/align_rate，也就是说，align是match的前提
以上是关于match|align|identify|cover_rate的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
推送到 Heroku 被拒绝，破坏 package.json
[AGC034D] Manhattan Max Matching