基因组survey——K-mer频谱

Posted 2023-05-06

参考技术A jellyfish： 1 、 2 和 GitHub
产生的kmer频数分布数据需要用R包 GenomeScope 和 findGSE 来进行统计估计。( http://qb.cshl.edu/genomescope/ )

这里我还是用一种后来出现但整合了jellyfish和其他分析的软件KAT( is accomplished through an integrated and modified version of Jellyfish2's counting method)
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw663
Github: https://github.com/TGAC/KAT
Document： https://kat.readthedocs.io/en/latest/using.html

安装

然后是一系列的安装编译过程：

二、运行

ls NGS_10G_?.clean.fq > NGS10.clean.lst
KmerFreq_AR -k 17 -t 12 -m 1 -p KmerFreq.10G -q 33 NGS10.clean.lst > NGS.10G.kmer.count 2>NGS.10G.kmerfreq.cerr

freq.cz和.freq.cz.len文件是用于Corrector_AR对reads进行校正分析

"return new ModelAndView("redirect:surveys.html"); 之间有啥区别？和“返回新的 ModelAndView（“survey

【中文标题】"return new ModelAndView("redirect:surveys.html"); 之间有啥区别？和“返回新的 ModelAndView（“surveys.html”）；”

【英文标题】：What's the diference between "return new ModelAndView("redirect:surveys.html");" and "return new ModelAndView("surveys.html");""return new ModelAndView("redirect:surveys.html"); 之间有什么区别？和“返回新的 ModelAndView（“surveys.html”）；”

【发布时间】：2014-04-01 06:06:49

【问题描述】：

问题在标题中。我有一个 Spring MVC Web 应用程序，我必须修改很多东西，我对此很陌生，在做任何事情之前我试图了解它是如何制作的。

两者有什么区别：

return new ModelAndView("redirect:surveys.hmtl");

和

return new ModelAndView("surveys.html");

谢谢。

【参考方案1】：

第一个重定向：

                  POST or GET
browser -------------------------------------> spring controller

         redirect to surveys.html (status = 302)
        <------------------------------------

                  GET
        -------------------------------------> surveys.html

                  final page
        <-------------------------------------

第二个转发：

                    POST or GET
browser -------------------------------------> spring controller
                                                     |
                                                     |
                    final page                       V
        <------------------------------------- surveys.html

【参考方案2】：

重定向 - 向客户端发送 http 302 重定向。然后客户端将使用给定的 url 向服务器发送一个新请求。

return new ModelAndView("surveys.html"); 指示 spring 将此视图返回给客户端

【参考方案3】：

从程序员的角度来看是这样的

return new ModelAndView("redirect:surveys.hmtl"); 当您使用重定向时，您会将您的控制器重定向到另一个适用于重定向 url 的控制器。简单地说，您可以拥有处理该路径的控制器。该控制器将被解雇。并且可以重定向到另一个页面。然后在 HTTP 响应中，您可以看到重定向状态 3xx 而不是正常情况下的 200。

return new ModelAndView("surveys.html");

当您不使用重定向时，您只会调用 View 部分并显示您的 html。有http响应200/OK状态。