GO注释和富集分析

Posted 2023-04-23

参考技术A GO注释是对某个特定基因功能的描述。每一条GO注释由一个基因和相应的GO term组成。这些描述一起构成了当前的生物学认知的“快照”。关于基因功能的碎片化的认知可能建立在不同的等级之上，这就是为什么每条GO注释总是会引用其基础的证据。证据以GO“证据码”的形式呈现，具体可能是一个已发表的文献或者创建这条注释的方法。
所有的GO注释，最终都会被科学文献支持。GO证据码描述了证据并且粗略的反应了这条注释与直接的实验证据相距多远，以及这条注释是否被专家评估过。

【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

参考技术A

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解