libvips从Ex40中提取NDPI区域而不是从地图中提取

Posted 2021-03-27

我使用libvips来获取.ndpi图像的金字塔。

通过this answer并搜索documentation我发现了这个命令

vips extract_area myimage.ndpi[level=0] mypyramid.dz 0 0 10000 10000

它将从0 0开始，大小10000 10000的裁剪提取到dzi文件。

level参数是放大率，0是最高。

问题是ndpi里面有以下图像：

• myimage_macro.tif
• myimage_map.tif
• myimage_x0.15625_z0.tif
• myimage_x0.625_z0.tif
• myimage_x10_z0.tif
• myimage_x2.5_z0.tif
• myimage_x40_z0.tif

当我需要myimage_macro.tif时，vips正在服用myimage_x40_z0.tif

应该有一个像level这样的参数来从我想要的OpenSlide（ndpi）中的图像中选择。

有人问。为什么不提取tif然后运行vips？

好吧，因为vips告诉我这个：

openslide2vips: opening slide: No such value: directory 0, tag 278

这意味着使用ndpisplit提取tif以某种方式不保存元数据以允许vips识别图像

所以我有点麻烦。我有巨大的图像，我需要提取一个稍微少一点的东西，然后有它的金字塔。

请帮助我，现在我基本上编写了我自己的编码并且它有效，但它非常慢。

答案

我写这个作为答案，虽然这不是一个真正的答案。它似乎只是一个评论太长了。

libvips openslideload操作允许您选择要加载的关联图像。您可以从slide-associated-images元数据标签中获取相关图像的列表。例如：

$ vipsheader -f slide-associated-images 2013_09_20_29.ndpi 
macro
$ vipsheader -f slide-associated-images CMU-1.svs
label, macro, thumbnail

然后你可以选择一个相关的图像：

$ vips crop CMU-1.svs[associated=label] x.jpg 10 10 100 100

获得标签的一小部分。

所以...检查哪些相关图像为幻灯片打开了报告。如果你能得到你需要的那个，那就用associated参数选择它。如果未列出您需要的图像，我会联系openslide项目，因为他们需要添加支持。

您还可以检查openslide命令行工具，它们可能提供更多选项。