无标定量|有标定量|谱图计数|XIC|AMT数据库|RT对对齐|母离子|子离子|SILVER|SRM|iBAQ|APEX|差异蛋白筛选|MaxQuant|PANDA|C-HPP

Posted yuanjingnan

tags:

篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了无标定量|有标定量|谱图计数|XIC|AMT数据库|RT对对齐|母离子|子离子|SILVER|SRM|iBAQ|APEX|差异蛋白筛选|MaxQuant|PANDA|C-HPP相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

生物医学大数据-蛋白质定量

现今肽段定量效率存在巨大差异。比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少。

 技术图片

 

 

无标定量法

 技术图片

 

 

方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音。

方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信息,通过采集同一个肽段的所有信息利用交叉搜索策略,相互比对后填补丢失量:

 技术图片

 

 

在交叉搜索策略中,使用RT对对齐,分别是全局比对和局部比对,最后为了克服系统误差而进行归一化处理,比如max归一化是指将一组数据中的最大值定为1,每组都是同样标准。可以基于谱图数据库找到该二级色谱对应的序列,也可以统一过一级图谱的特征搜索AMT数据库。

基因组与蛋白质在实验技术上的差异,基因组测序重复性好,但是蛋白质质谱实验可重复性低。

脚本串接software无标定量软件,常用的XIC无标定量软件有:

 技术图片

 

 

LFQuant 可以对谱图数据进行多级过滤,保留时间对齐和有较好的准确性评估和重复性评估

 

谱图计数速度快但是精度低和动态范围小,而XIC主要采用搜库能省时且准确,但特征比对就比较耗时。

有标定量是采用稳定同位素标记方法:

 技术图片

 

 

有标定量分为母离子和子离子定量:

 技术图片

 

 

母离子标记software

 技术图片

 

 

EgSILVER

 技术图片

 

 

子离子定量软件:

 技术图片

 

 

无标定量的试验成本低,适用不同平台数据相比较的情况,较有标定量动态范围大。有标定量受到质谱平台影响小,较为准确。

 技术图片

 

 

相对定量比绝对定量误差要小,绝对定量的实验方法是SRM结合内标肽段,常用数据库:

 技术图片

 

 

计算方法是iBAQAPEX等,其中APEX准确性较好。

差异蛋白筛选:

 技术图片

 

 

 

先对蛋白质进行定量,然后缺失值差补,再使用统计学检验方法进行统计学检验,然后使用统计学工具绘制火山图,最后得到差异蛋白列表。常用的Software

 技术图片

 

 

注意:蛋白质多缺失值需要至少三次重复,不滥用p-value,关于生物统计学问题可查看nature生物统计专题。

定量软件:MaxQuant&PANDA

 技术图片

 

 

C-HPP可将不同实验室定量结果整合:

 技术图片

 

 

高丰度蛋白作用于结构,低丰度作用于调节

 

 

以上是关于无标定量|有标定量|谱图计数|XIC|AMT数据库|RT对对齐|母离子|子离子|SILVER|SRM|iBAQ|APEX|差异蛋白筛选|MaxQuant|PANDA|C-HPP的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

python 使用两个Bruker元素定量输出文件,从另一个中减去一个的计数。

解读人:刘佳维,Spectral Clustering Improves Label-Free Quanti?cation of Low-Abundant Proteins(谱图聚类改善了低丰度蛋白的

数据分析五大指标分类

数据分析五大指标分类

SPECT/CT诊疗一体化定量技术前沿进展复旦大学附属肿瘤医院开展转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)新型激素治疗疗效评估

RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKM