利用python求一段DNA序列的互补序列

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了利用python求一段DNA序列的互补序列相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

代码如下:

 1 complement = {A:T,G:C,C:G,T:A}
 2 rev_seq = ‘‘
 3 with open(rD:\Rosalind\haha.txt,w+) as f1:
 4     with open(rD:\Rosalind\rosalind_revc.txt,r) as f:
 5         dna_seq = f.read()
 6         dna_seq = list(dna_seq.strip())
 7         for i in dna_seq:
 8             rev_seq += complement[i]
 9             
10     rev_seq = rev_seq[::-1]
11             
12             
13     print (rev_seq,file = f1)

这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。

如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便

先定义的一个字典:    complement = {‘C‘: ‘G‘, ‘G‘: ‘C‘, ‘T‘: ‘A‘, ‘A‘: ‘T‘}  

然后 for i in list(seq):

    rev_dna += complement[i]

    rev_dna = rev_dna[::-1]

  print (rev_dna)

直接得到互补后的结果。

 

以上是关于利用python求一段DNA序列的互补序列的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

有哪位知道专门翻译dna互补链的网站?

有一段长度约为1000bp的DNA序列,如何证明其中的PRD区(大约第60-100bp)表达的蛋白与特定蛋白有作用?

第2题——DNA片段

利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

利用PythonOrange结合DNA序列进行人种预测

POJ2778DNA Sequence(AC自动机)