利用python求一段DNA序列的互补序列
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了利用python求一段DNA序列的互补序列相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
代码如下:
1 complement = {‘A‘:‘T‘,‘G‘:‘C‘,‘C‘:‘G‘,‘T‘:‘A‘} 2 rev_seq = ‘‘ 3 with open(r‘D:\Rosalind\haha.txt‘,‘w+‘) as f1: 4 with open(r‘D:\Rosalind\rosalind_revc.txt‘,‘r‘) as f: 5 dna_seq = f.read() 6 dna_seq = list(dna_seq.strip()) 7 for i in dna_seq: 8 rev_seq += complement[i] 9 10 rev_seq = rev_seq[::-1] 11 12 13 print (rev_seq,file = f1)
这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。
如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便
先定义的一个字典: complement = {‘C‘: ‘G‘, ‘G‘: ‘C‘, ‘T‘: ‘A‘, ‘A‘: ‘T‘}
然后 for i in list(seq):
rev_dna += complement[i]
rev_dna = rev_dna[::-1]
print (rev_dna)
直接得到互补后的结果。
以上是关于利用python求一段DNA序列的互补序列的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
有一段长度约为1000bp的DNA序列,如何证明其中的PRD区(大约第60-100bp)表达的蛋白与特定蛋白有作用?