有一段长度约为1000bp的DNA序列,如何证明其中的PRD区(大约第60-100bp)表达的蛋白与特定蛋白有作用?
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而不是这个序列的其他区域与特定蛋白有作用?如何设计实验?
参考技术A 传统的方法是设计截短体突变。你可以设计2对引物,分别是(A)1-60bp(B),(C)100-1000bp(D)的引物,其中B引物与第二段序列初始有所重叠,C引物与第一段序列末尾有所重叠。先利用2对引物分别PCR得到2个片段,再以产物为模板,A,D引物进行PCR,得到缺失60-100bp序列的目的基因。随后进行蛋白质相互作用的验证(酵母双杂交,PULL-DOWN,CO-IP等,或者SPR等),证实在缺失了该段序列后,相互作用无法发生。
你要证实的目的序列较小,难以单独表达目的蛋白(才10几个氨基酸),如果目的序列较大的话,可以单独表达这一段,进行相互作用的验证。
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