易基因: m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路|干货系列
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大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。
近年来,m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域,相关研究成果层出不穷,高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。
研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险,通常会进行m6A甲基化研究的前期探索性实验,主要包括:
- 检测m6A writers、readers、erasers的表达
- 检测整体m6A甲基化水平变化
- m6A writers、readers、erasers基因干扰/敲除/过表达
- 其他前期实验
一、检测m6A writers、readers、erasers的表达
方法包括:
- RT-qPCR检测其mRNA表达
- Western blot检测蛋白质翻译
e.g. 小鼠脑损伤前后观察到METTL14和FTO的RNA表达显著变化
二、检测整体m6A甲基化水平变化
方法包括:
- m6A甲基化免疫荧光染色(定性)
- m6A斑点杂交(定性)
- 质谱法(定量)
- 比色法(定量)
三、m6A writers、readers、erasers基因干扰/敲除/过表达
方法包括:
- 检测处理后潜在m6A修饰基因的蛋白表达
- 检测处理后所研究的表型和功能变化
e.g. 为了研究m6A修饰在抗病毒感染响应中的作用,发现siMETTL3/14处理会造成抗病毒相关基因的蛋白质翻译水平下调,METTL3/14过表达又造成相关基因蛋白质水平上调。
四、其他前期实验
在没有条件开展甲基化相关前期实验的情况下,也可以开展其他预实验。如:
- 关键表型指标测定
- 转录组(成本低廉)—— 基于m6A可调节转录本的成熟、降解、稳定性
在进行前期探索性预实验后,m6A RNA甲基化的研究思路与项目设计还包括:技术选择、数据挖掘、下游验证。
- 技术选择:
- m6A甲基化检测技术有哪些?
- 如何根据现有的实验条件选择最合适的技术开始课题研究?
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- 数据挖掘:
- 理解每一步数据分析的目的和依据
- 如何筛选m6A调控的目标基因
>>> 推荐阅读:干货系列:m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路
- 下游验证:
- 如何开展m6A调控目的基因表达的验证实验
- 高分突破:打通机制研究思路
>>> 干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇
以上就是关于m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验及研究思路分享。
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