如何查找一个基因参与的代谢通路

Posted 2023-03-21

代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。

利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路：

先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。

然后合理地安排EC号。

最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。

参考技术A 　　一般现在的科技服务公司如果做了kegg pathway数据库注释的话，都会做代谢通路图的注释，可以从结果文件中的代谢通路图查找，找到想要的代谢通路图后，再分析哪些基因在基因组上存在。

　　谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。如果找不到，有可能是关键字不对或者基因组中没有这样的代谢通路功能基因。