Qiime2(二)-将16S 数据导入QIIME 2

Posted 2023-04-30

参考技术A 该文件包含首行、每个样本的 ID、rawreads文件路径、forward或reverse信息。
首行必须是：sample-id,absolute-filepath,direction

通过脚本生成file path文件

激活环境

输入：样品路径清单（file path）文件
输出：demux-summary.qza
双端数据使用命令：

将上步生成的qza文件生成qzv可视化文件：

将生成的demux-summary.qzv拖入 https://view.qiime2.org/

文章给的引物序列

M=A/C
R=A/G
查看引物序列

通过脚本生成file path文件

单端数据使用命令：

Docker方式安装QIIME 2

# 下载最新版QIIME 2

docker pull qiime2/core:2017.7

# 测试是否安装成功

docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 qiime

# 启动docker命令行，挂载目录至/mnt/hgfs/2017目录，退出自动移除

docker run --rm -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 --name=qiime -it qiime2/core:2017.7

这就相当于打开了一个软件工作环境，目录/mnt/hgfs/2017为当前工作目录，可方便分析数据

 

删除镜像

先删除由这个镜像启动的容器

docker rm eef3648a6e77

eef3648a6e77是容器id

删除镜像

docker rmi 195eb90b5349

195eb90b5349是镜像id