QIIME2使用方法

Posted 2022-01-17 afeiyuanda

激活qiime2的执行环境：source activate qiime2-2019.4
如何查看conda已有的环境：conda info -e

以下分析流程参考：https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 

1、数据准备

现在我们常用的就是这种格式的数据，每个样品一对数据文件

wget   -O "casava-18-paired-end-demultiplexed.zip"   "https://data.qiime2.org/2019.4/tutorials/importing/casava-18-paired-end-demultiplexed.zip"

下载解压后，文件夹中文件如下：

 

2、将数据转换为qza格式（qiime新定义的自己的格式类型，有点编程中对象的含义）

qiime tools import   --type ‘SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]‘   --input-path casava-18-paired-end-demultiplexed   --input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt   --output-path demux-paired-end.qza

3、查看数据质量
qiime demux summarize --i-data demux-paired-end.qza --o-visualization demux-summary-1.qzv
用以下命令查看结果：
qiime tools view demux-summary-1.qzv

4、双端序列合并成单端

qiime vsearch join-pairs --i-demultiplexed-seqs demux-paired-end.qza --o-joined-sequences demux-joinded.qza

 

5、查看对merge后的数据质量情况

qiime demux summarize --i-data demux-joinded.qza --o-visualization demux-summary-merged.qzv

qiime tools view demux-summary-merged.qzv

 

4、对数据进行剪切

双端：
qiime dada2 denoise-paired   --i-demultiplexed-seqs demux-paired-end.qza   --p-trim-left-f 13   --p-trim-left-r 13   --p-trunc-len-f 150   --p-trunc-len-r 150   --o-table table.qza   --o-representative-sequences rep-seqs.qza   --o-denoising-stats denoising-stats.qza

单端：

qiime dada2 denoise-single   --i-demultiplexed-seqs demux-joinded.qza \\  #输入应该也是序列，不能是joined对象
  --p-trim-left 13 \\
  --p-trunc-len 150 \\
  --o-table table.qza   --o-representative-sequences rep-seqs-merged.qza   --o-denoising-stats denoising-stats-merged.qza

https://forum.qiime2.org/t/demultiplexing-and-trimming-adapters-from-reads-with-q2-cutadapt/2313