RDKit 安装教程

Posted 2022-01-02 Xavier Jiezou

简介

RDKit 是用 C++ 和 Python 编写的化学信息学和机器学习软件的集合。

功能

• BSD 许可证- 面向开源的商业友好型许可证
• C++ 中的核心数据结构和算法
• Python 3.x wrapper 使用 Boost.Python 生成
• 使用 SWIG 生成的 Java 和 C# 包装器
• 2D 和 3D 分子操作
• 用于机器学习的描述符和指纹生成
• 用于 PostgreSQL 的分子数据库盒，支持子结构和相似性搜索以及许多描述符计算器
• 用于 KNIME 的化学信息学节点
• Contrib 文件夹，其中包含利用 RDKit 强大功能的社区贡献的有用软件

准备

开始之前需要在你的电脑上安装 Miniconda：Linux | Windows

安装

1. 打开 cmd 或 bash 终端，执行如下安装命令

conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit

2. 激活 rdkit 环境

conda activate my-rdkit-env

3. 测试能够使用（如果不报错，说明安装成功）

>>> from rdkit import Chem

参考

https://github.com/rdkit/rdkit