在 python 3.8 Ubuntu 20.04 LTS 中安装 RDKit 的问题

Posted 2023-03-16

【中文标题】在 python 3.8 Ubuntu 20.04 LTS 中安装 RDKit 的问题

【英文标题】：Problems installing RDKit in python 3.8 Ubuntu 20.04 LTS

【发布时间】：2020-10-04 07:31:00

【问题描述】：

我在尝试使用 python3 和 Ubuntu 20.04 LTS 安装 RDKit 时遇到了很多麻烦 尝试以这种方式安装rdkit：

sudo apt-get install python3-rdkit

但是当我尝试使用 python3 导入它时，它不起作用。 它确实安装了，但它不在包列表中。 使用例如后我也无法导入它：

from rdkit import Chem

官网（https://www.rdkit.org/docs/Install.html）网站确实有如下安装语句，但是没有用：

sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

我将不胜感激！

【问题讨论】：

你为什么不使用 conda？它更容易，并且可以在 ubuntu 20.04 中运行

【参考方案1】：

我还不确定 rdkit 是否真的与 python 3.8 兼容。例如 conda 通道上没有 python 3.8 构建。

【讨论】：

最好通过 conda 安装 rdkit，如果您想要最新的可能版本，它是 conda-forge 频道。

【参考方案2】：

创建并激活 conda 环境后，运行：

conda install -c conda-forge rdkit

参考：https://anaconda.org/conda-forge/rdkit