FSL 安装教程

Posted 2021-12-09 Tina姐

点击以下链接 查看 FSL 功能介绍
介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具–FSL

这节主要介绍如何安装 FSL 工具。由于我 LINUX 服务器上早已安装成功，这次在 MacOs 系统上进行安装演示。其余系统基本一致，按照官方安装说明一步一步来即可。
预祝大家顺利安装。

FSL 下载

• 下载地址
  
  下载步骤

1. 同意 FSL licence
2. 勾选
3. 填写个人信息，信息随意填写，不用真实信息
4. 选择安装系统

可以选择的安装系统很多，基本满足需求。

5. 点击注册

注册后回跳转到下载界面。

6. 点击下载文件。此处下载的是一个 Python 文件（fslinstaller.py）

安装 FSL

• 点击查看 官网 macOS 安装说明
• 微信gzh 可查看安装视频

1. 打开终端
2. 切换到 fslinstaller.py 文件的路径

我默认下载到 Downloads

cd ~/Downloads

3. 运行下载的脚本

该 fslinstaller.py 脚本执行FSL的安装，配置环境等，使用 Python2 运行它，Python2一般系统都会自带。不用特意安装。

为什么使用 python2, 问开发者去~~~~

python2 fslinstaller.py

运行过程中会提示: 你希望安装在此处吗？

敲回车就可以了，敲‘yes’没用

下载过程很慢，建议 翻个墙~~

我下载了一晚上，最后成功了。早上起来输了图中所示的电脑密码，几分钟就可以安装成功。安装好后需要退出终端，重新再打开终端进行下一步的检验。

4. 检验是否下载成功
   通过执行以下操作来测试环境和命令行工具是否设置正确：

• 启动一个新的终端会话
• 通过键入以下内容检查您的环境是否正确：

echo $FSLDIR

这应该显示您安装 FSL 的目录的名称。默认在：/usr/local/fsl

• 通过键入以下内容检查您的路径是否正确

flirt -version

应该显示：FLIRT version 6.0. 版本号可能不同

• 检查 miniconda 环境安装是否成功完成

which imcp

它应该显示如下一行：
/usr/local/fsl/bin/imcp
如果以上有不正确的地方，点击上面安装教程去查看解决方案。

虽然我这些全部通过，但是我敲 FSL 的命令时提示我：

DISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!

这个问题出在哪其实很好找，上面我安装的时候有个【warning】，提示找不到 X11 window. 因此敲FSL的时候就打不开 GUI 界面，但是仍可以使用终端命令。比如，敲 fsleyes 就可以打开图像浏览器工具。

遇到这个问题，我们下载 XQuartz，安装即可解决。

XQuartz 项目是一个开源项目，旨在开发在 macOS 上运行的X.Org X Window System版本。它与支持的库和应用程序一起构成了 Apple 随 OS X 10.5 到 10.7 版一起提供的 X11.app。

XQuartz下载地址

下载好后，和平时安装软件一样安装好，再打开终端 > 敲 fsl 就有界面了。

其实，平时根本不会用这个界面，需要做什么都直接终端敲命令做，如果装不上界面也没关系。

以上是一个官方的安装教程，安装成功与否跟网络有很大关系。当然，相信总有人不会这么一帆风顺，总会遇到各种问题。如有问题，可以参考以下两个链接：

1. 官网 macOS 安装说明
2. 三种安装方法

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