机器学习Python药物发现毒性预测专题

Posted 2021-08-29 aomr*

目前人工智能技术在药物研发中的应用主要表现为七个场景，分别是：靶点药物研发、候选药物挖掘、化合物筛选、预测ADMET性质、药物晶型预测、辅助病理生物学研究和发掘药物新适应症,人工智能可以将新药研发的成功率从12％提高到14％，可以为生物制药行业节省数十亿美元。此外，AI在化合物合成和筛选方面比传统手段可节约40%-50%的时间，每年为药企节约260亿美元的化合物筛选成本。在临床研究阶段，可节约50%-60%的时间，每年可节约280亿美元的临床试验费用。即AI每年能够为药企节约540亿美元的研发费用。AI+药物研发与传统模式相比，时间和成本优势明显。AI＋药物研发的结合必然是未来制药行业的发展趋势，谷歌DeepMind从16年的AlphaGo, 17年的AlphaZero, 18年的AlphaFold, 到如今的AlphaFold2, 这样的发展和迭代速度让我们看到，人工智能的时代正在加速到来，AlphaFold2的出现对于生命科学来说无疑是一次巨大的进步，生物学家可以从结构角度解释更多的现象，并对制药等应用产生深远影响，在蛋白质科学领域，计算结果第一次拥有了与实验结果同等重要的地位，再也不能被轻视。在CASP14中，有些蛋白质相互缠绕，长的非常奇怪，结果AlphaFold2都可以正确的预测，AlphaFold2可以利用蛋白质序列把蛋白三维结构准确的预测出来，以往都需要人力通过实验解析蛋白质的三维结构，AlphaFold2出现后大大节约了时间。而了解蛋白质结构就是在了解人类的第二大遗传密码，AlphaFold2加速了当代人对生命的理解和认识。

 

日期	授课题目	授课内容	备注
2021-08-14	背景与基础	1.从药物发现到临床试验的介绍。	理论+实操
2021-08-14	背景与基础	2.计算机辅助药物设计与人工智能发展史	理论+实操
2021-08-14	背景与基础	3.常见药物设计软件Autodock vina, DS, 薛定谔, 分子指纹介绍与安装	理论+实操
2021-08-14	背景与基础	4.Pyhton机器学习人工智能在药物发现中的应用	理论+实操
2021-08-14	Python基础与进阶	5.Python基本数据结构列表，集合，元组，字典的应用	理论+实操
2021-08-14	Python基础与进阶	6.Python pandas, numpy案例介绍与应用	理论+实操
2021-08-14	Python基础与进阶	7.Python爬虫应用实战，爬取某网站岗位信息。	理论+实操
2021-08-14	Python基础与进阶	8.Python爬虫应用实战，爬取某网站论文。	理论+实操
2021-08-14	Python基础与进阶	9.RDKit在处理化学分子方面的应用。	理论+实操
2021-08-14	Python基础与进阶	10.Python 面向对象编程(类与对象)	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画散点图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画分布图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画折线图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画柱状图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画饼状图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画热力图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画ROC曲线	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画生存曲线	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画森林图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画动态折线图	理论+实操
2021-08-15	可视化分析系列	Python画动态柱状图	理论+实操
2021-08-17	自动化办公系列	用Python自动化操作Excel表格Sheet	理论+实操
2021-08-17	自动化办公系列	用Python自动化生成演示文稿PPT(包括文字，图片，标题等)	理论+实操
2021-08-17	自动化办公系列	用Python自动化生成论文Word文档(包括文字，图片，标题等)	理论+实操
2021-08-18	机器学习理论与案例实操	1.逻辑回归算法	理论+实操
2021-08-18	机器学习理论与案例实操	2.朴素贝叶斯算法	理论+实操
2021-08-18	机器学习理论与案例实操	3.KNN算法	理论+实操
2021-08-19	机器学习理论与案例实操	4.支持向量机算法	理论+实操
2021-08-19	机器学习理论与案例实操	5.决策树算法	理论+实操
2021-08-19	机器学习理论与案例实操	6.随机森林算法	理论+实操
2021-08-19	机器学习理论与案例实操	7.梯度提升树算法以及XGBOOST	理论+实操
20218.21-23 （线下培训   苏州）		20218.21-23 （线下培训   苏州）
2021-08-21	药物设计案例实操	1.AutoDock Vina 分子对接案例实操: (1) 靶点蛋白的准备。 (2) 小分子优化与格式转化 (3) 分子对接结果解读	理论+实操
2021-08-21	药物设计案例实操	2.DS 分子对接案例实操 (1) 靶点蛋白的准备 (2) 小分子优化准备 (3) 分子对接结果结合模式与解读	理论+实操
2021-08-21	药物设计案例实操	3.薛定谔分子对接案例实操 (1) 靶点蛋白的准备 (2) 小分子优化准备 (3) 分子对接结果结合模式与解读	理论+实操
2021-08-21	药物设计案例实操	4.分子指纹图谱案例演示 (1) 靶点蛋白晶体结构的收集与准备 (2) 指纹图谱结果解读	理论+实操
2021-08-21	药物设计案例实操	5.分子动力学案例演示 1.以索拉非尼和阿帕替尼为例实操分子动力学过程 2.结果展示与解读	理论+实操
2021-08-22	深度学习案例实操	1.常见深度学习框架tensorflow, pytorch等介绍与应用	理论+实操
2021-08-22	深度学习案例实操	1.运用机器学习方法预测临床前潜在有效的药物(针对药物的有效性) (1) 小分子化合物的收集 (2) 计算小分子的理化属性 (3) 运用机器学习方法建立预测模型	理论+实操
2021-08-22	深度学习案例实操	2.运用深度学习方法预测临床前潜在有毒性的药物(针对药物的安全性)	理论+实操
2021-08-22	深度学习案例实操	3.图卷积网路在药物化学分子中的应用案例介绍与实操	理论+实操
2021-08-22	深度学习案例实操	4.生成式对抗网络与AlphaFold在药物发现与设计方面的应用介绍。	理论+实操
2021-08-23	AlphaFold2蛋白结构预测实操	蛋白质结构与功能的概述。 蛋白质的组成 蛋白质的结构 蛋白质的功能	理论+实操
2021-08-23	AlphaFold2蛋白结构预测实操	常见蛋白质结构预测的网站及方法。 常用蛋白质结构预测的相关网站及软件 常用网站及软件的使用方法及说明	理论+实操
2021-08-23	AlphaFold2蛋白结构预测实操	机器学习在蛋白质结构预测的应用。 蛋白质结构与小分子药物库获取 机器学习加速预测小分子药物 AlphaFold2机器学习模型对蛋白结构预测	理论+实操
2021-08-23	AlphaFold2蛋白结构预测实操	实战蛋白结构预测目前最好的人工智能模型AlphaFold2。 AlphaFold2模型的获取及安装 AlphaFold2相关数据的获取 AlphaFold2模型的实战操作	理论+实操

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