脑影像分析工具保姆级安装教程——VMware Workstation16.1.2中安装FSL6.0.3/FSL6.0.4MRtrix3MRIcron并修复fsleyes not found

Posted 2021-08-24 意疏

tags:

篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了脑影像分析工具保姆级安装教程——VMware Workstation16.1.2中安装FSL6.0.3/FSL6.0.4MRtrix3MRIcron并修复fsleyes not found相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

| 图源

之前写过三篇关于FSL安装的文章，包括简易安装、docker下完整安装，Linux下完整安装，这篇在VMware Workstation16.1.2中安装，算是之前的各种安装方法的一个集成了，这应该也是笔者最后一次写FSL安装教程了。以下包含VMware Workstation 16.1.2的安装，VMware Workstation 16.1.2上安装配置ubuntu 20.04，ubuntu 20.04上离线安装配置FSL6.0.3\\FSL6.0.4，ubuntu 20.04上安装配置FSLeyes，并修复/fsl/bin/fsleyes not found，fsl/bin/imcp not found，fsl/bin/immv not found等问题。另外还包含DTI分析工具MRtrix3和脑影像显示与转换工具MRIcron的安装。

FSL简易安装：FSL5.0，安装容易，但版本老旧
docker下完整安装FSL：FSL 6.0.3，部署容易，便于分享环境，但配置GUI麻烦
Linux上单独安装FSL：FSL6.0.3/FSL6.0.4，离线安装，修复FSLeyes not found，无法分享环境
VMware安装FSL等：FSL6.0.3/FSL6.0.4，离线安装，修复FSLeyes not found，并放在虚拟机上，便于分享环境

copyright@意疏：https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/118936899

VMware Workstation 安装与配置

下载

目前最新版的WMware Workstation

安装

除了启动时自动检测更新和加入VMware勾掉外，其余默认安装即可，如图1所示。如果安装之前要求重启，则重启一下。

图1 VMware Workstation安装流程

富人俱乐部

不要急着点finish，先填写16版专用的富人码，并点击enter进入富人俱乐部，然后才点击finish。完成之后，双击打开VMware Workstation，在help->about里查看是否加入富人俱乐部成功。如图2。

图2 加入富人俱乐部

VMware Workstation 16.1.2上Unbuntu20.04安装与配置

下载

找个地方下载Unbuntu 20.04，如中科大源

安装

虚拟机配置流程如图3所示，注意一下第5图所示的虚拟硬盘空间，这只是上限，实际并没有占那么大空间，此处设为30G是考虑到要装的软件比较大，并且Unbuntu20.04的硬盘要求是25G。后面再扩容挺麻烦的，所以有条件的话，尽量给大一些。完成之后，单击Finish创建虚拟机，并开始安装Ubuntu 20.4和VMware tools。

图3 VMware Workstation上安装ubuntu流程

创建虚拟机时可能遇到如下错误：因为很多人的宿主机操作系统可能都是比Windows 10 1909 更早的版本，不满足VMware Workstation系统要求。

Your host does not meet minimum requirements to run VMware Workstation with Hyper-V or Device/Credential Guard enabled. Refer to VMware KB article 76918 at https://kb.vmware.com/kb/76918 for more details.

开始菜单->右键->Windows PowerShell (Admin)，加入如下命令并重启计算机即可解决上述问题¹。

bcdedit /set hypervisorlaunchtype off

虚拟机设置——修改内存和处理器核数

用FSL处理数据很吃内存，在电脑正常运行的前提下，尽可能多的给它分配内存。虚拟机（VM）->设置（setting）如图4。

图4 修改虚拟机内存和处理器核数

虚拟机设置——设置虚拟机共享文件夹

VMware Workstation和docker一样，都可以设置与宿主机系统的共享文件夹，这样便可以轻易的在虚拟机与宿主机之间传输数据，进而无需为虚拟机创建单独的数据分区。

原本直接用图5所示的步骤即可添加共享文件夹，但是有可能你也像笔者这样，共享文件夹选项为灰色，不能设置，此时宿主机与虚拟机之间也不能互相复制粘贴东西。查了一下，应该是VMware tools未安装所致。

图5 设置虚拟机共享文件夹

安装VMware tools: 首先把图6所示的3个驱动器改为自动检测。然后点击虚拟机（VM），安装VMware tools，如图7所示。

图6 修改虚拟机驱动器

图7 安装VMware tools

之后下方会提示：

Make sure that you are logged in to the guest operating system.Mount the virtual CD drive in the guest, launch a Terminal, and use tar to uncompress the installer.Then, execute vmware-install.pl to install VMware Tools.

根据提示安装VMware tools，终端上依次用以下命令，并敲回车和yes就可以安装完成,，注意更换压缩包名字。

cp /media/yishu/'VMware Tools'/VNwareTools-xxxx.tar.gz ~/
cd ~/
tar -xzvf VNwareTools-xxxx.tar.gz
sudo ./vmware-install.pl

重新设置共享文件夹： 笔者把整个F盘都当做了共享文件夹来使用，如图8所示。

图8 设置共享文件夹

用df -h查看一下，vmhgfs-fuse就是共享文件夹，它挂载在/mnt/hgfs目录下。

删除VMware tools安装包

rm -f VMwareTools-10.3.23-17030940.tar.gz
rm -rf vnware-tools-distrib/

重启虚拟机，宿主机与虚拟机之间就可以互相复制粘贴东西。

虚拟机设置——更换apt源——下载加速

安装vim备用

sudo apt-get install vim

备份sources.list，并把下面的163源覆盖原sources.list中内容。

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources_init.list
sudo vim /etc/apt/sources.list

# 163源 for ubuntu 2020.04
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse

apt-get update

sudo apt-get update

虚拟机设置——清除不必要的软件和文件²³

sudo apt-get remove libreoffice-common
sudo apt-get remove unity-webapps-common
sudo apt-get remove firefox
sudo apt-get remove thunderbird totem rhythmbox empathy rasero simple-scan gnome-mahjongg aisleriot gnome-mines cheese transmission-common gnome-orca webbrowser-app gnome-sudoku landscape-client-ui-install 
sudo apt-get remove onboard deja-dup
sudo apt-get autoremove

copyright@意疏：https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/118936899

Unbuntu20.04上安装fsl6.0.3/fsl6.0.4

下载

链接：https://pan.baidu.com/s/17jDl-JeUY5IFviu0eKVsfw 提取码：hcbr

安装

采用离线安装的方式，解压完成即完成安装。笔者把fsl下载到了共享文件夹F盘里的software文件夹下，并将它解压（安装）到了虚拟机普通用户home目录下的software文件夹内。

mkdir ~/software
tar -xzvf /mnt/hgfs/F/software/fsl-6.0.3-centos6_64.tar.gz -C ~/software

终端输入以下命令添加环境变量

echo 'export FSLDIR=~/software/fsl' >>~/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin' >> ~/.bashrc
echo 'source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

终端键入fsl，就会弹出其GUI，但是点击fsleyes按钮会出现/fsl/bin/fsleyes: not found错误。因为离线安装的方式，从FSL6.0.2之后，安装完成之后不包含fsleyes及其依赖环境。

Unbuntu20.04上安装FSLeyes

从FSL6.0.2之后，FSLeyes就独立于FSL了⁴。如果你有观察过FSL文件中的FSLeyes，你会发现它装在一个miniconda创建的虚拟环境fslpython里。它要用到wxpython，numpy等我们非常熟悉的包⁵。所以，接下来就是要在虚拟环境里安装FSLeyes，出于连续性考虑笔者用anaconda来管理虚拟环境。

安装anaconda

直接下载会比用wget快，链接。笔者把它下载到了共享文件夹F盘的software下。可直接用以下命令安装。

bash /mnt/hgfs/F/software/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

笔者也把它安装在，虚拟机普通用户家目录的software下。

[/home/yishu/anaconda3] >>> ~/software/anaconda3

Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]yes

这里要选yes，不然不会初始化添加环境变量，如果不小心选到了no，可以用下面命令初始化。

~/software/anaconda3/bin/./conda init
source ~/.bashrc

source ~/.bashrc

去掉讨厌的base

conda deactivate
conda config --set auto_activate_base false

更换conda源——下载加速

vim打开~/.condarc文件，将下面链接复制到末尾。

vim ~/.condarc

channels:
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
ssl_verify: true

查看是否添加成功

conda info

安装FSLeyes

创建虚拟环境

conda create -n fslpython python=3.8

激活虚拟环境，并安装fsleyes

conda activate fslpython
conda install -c conda-forge fsleyes

修复/fsl/bin/fsleyes not found，fsl/bin/imcp not found，fsl/bin/immv not found

虽然两个软件都安装好了，但此时FSLeyes与fsl还是两个独立的软件，所以在fsl的GUI上点击fsleyes依旧会报错，并且依旧会有fsl/bin/imcp not found，/fsl/bin/immv not found等错误。通过以下脚本，为~/software/anaconda3/envs/fslpython/bin中的命令，
逐一建立与~/software/fsl/bin的软连接，就可以解决上述问题。

vim softlink.sh

#! /bin/bash

for link in $(ls $1)
do
        echo $link
        ln -s $1/$link $2/$link
done

bash softlink.sh ~/software/anaconda3/envs/fslpython/bin ~/software/fsl/bin

脚本运行完成后，再次点击fsleyes，界面就会奇迹般的出现啦，并且其他只在fslpython/bin中的命令也可以正常使用。

copyright@意疏：https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/118936899

Unbuntu20.04上安装mrtrix3

conda deactivate

conda install -c mrtrix3 mrtrix3

echo 'export PATH=$PATH:~/software/anaconda3/bin' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

Unbuntu20.04上安装mricron

sudo apt-get install mricron

克隆与分享虚拟机

关闭机虚拟机之后，克隆整个虚拟机电脑到某个位置，如图所示。注意：如果打算要分享，在最初配置时尽量不使用自己的私人信息，尤其是用户名，密码后期还可以改，用户名后期改了之后很可能不能用，这是笔者踩过的坑。

克隆完之后，再在其他的装有相同版本VMware Workstation的电脑上重新打开克隆的虚拟机，就可以得到一个和我们配置的虚拟机完全一样的虚拟机啦。

打开唯一必须要做的应该就是重新配置一下共享文件夹了。它挂载在/mnt/hgfs目录下，用的时候在该目录下去找即可。

以上，如果觉得有用，别忘了一键三连哦，嘻嘻。

参考

https://blog.csdn.net/weixin_42812527/article/details/109013351. ↩︎
https://blog.csdn.net/weixin_44205779/article/details/105650178. ↩︎
https://blog.csdn.net/weixin_30646315/article/details/98897562?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2_defaultbaidujs_title~default-0.pc_relevant_baidujshouduan&spm=1001.2101.3001.4242. ↩︎
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FSLeyes. ↩︎
https://blog.csdn.net/sinat_35907936/article/details/112969857 ↩︎