高性能服务器使用帮助

Posted 2021-03-16 radact

1  远程登陆

必要信息：服务器 IP 地址，用户名和密码

1.1  Windows 系统

下载安装 PuTTY 软件

https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html

打开 PuTTY 软件，在 Host Name (or IP address) 处输入 IP 地址，然后点击最下方 Open 按钮

根据提示依次输入用户名和密码即可登陆（注意：输入密码屏幕不显示，不要反复输入）。

1.2  macOS 和 Linux 系统

打开终端，输入

ssh username@192.168.239.128

其中 username 为实际用户名，根据提示输入密码即可登陆。

2  传输文件

下载安装 FileZilla 软件

https://filezilla-project.org/download.php?show_all=1

点击文件菜单，打开站点管理器，点击新站点

协议选择 SFTP，主机输入 IP 地址，登陆类型选择询问密码，点击下方的连接按钮

根据提示输入用户名和密码即可登陆。

窗口左侧为本地目录，右侧为远程目录。

建议隐藏远程目录的配置文件。

点击查看菜单，选择目录列表过滤器，勾选远程过滤器中的 Configuration files

3  提交任务 (sun grid engine, qsub)

计算任务包括批处理任务和交互式任务两种。

批处理任务通常用于运算时间较长的计算任务，需要编写任务脚本。

交互式任务用于简单快速的计算任务，需先申请计算终端然后输入计算命令。

3.1  批处理任务

首先将需要执行的计算任务命令保存为任务脚本，例如 hello.sh

#!/bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -S /bin/bash
#
#$ -l mem_free=4G
#

# your code goes here

date

通常以 #! 和 #$ 开头的内容不建议修改，以 # 开头的为注释内容。

上面任务脚本通过调用 date 命令显示当前系统日期和时间。

注意脚本文件换行符必须为 \\n 格式（Linux 和 macOS 系统默认），而 Windows 系统下文件默认换行符为 \\r\\n 格式。

Linux 系统下可使用 sed 命令将 \\r\\n 转换为 \\n，命令如下：

sed -i \'s/\\r$//\' hello.sh

任务脚本写好后使用 qsub 命令进行提交，命令如下：

qsub hello.sh

任务提交后可使用 qstat 命令查看任务状态，命令如下：

qstat

还可以使用 qdel 命令终止已提交的任务，命令如下：

qdel 5968

其中 5868 为 qstat 输出结果中的任务编号。

3.2  交互式任务

如果计算任务简单且运算时间较短，可使用 qrsh 申请计算终端后，直接输入命令进行计算。

qrsh