R语言实战应用精讲50篇（三十三）-R-circlize包应用案例详解（附R语言代码）

Posted 2022-02-14 文宇肃然

富集分析结果可视化

加载R包

library(tidyverse)
library(stringr)
library(circlize)
library(ComplexHeatmap)

导入数据

load("data.RData")

获取连续型颜色代码

col_fun = colorRamp2(c(-5,0,5), c("blue","white","red"))
col_fun(seq(-5,5, by=2.5))

数据清洗

在这里只展示了自己感兴趣的基因，由于要根据FC值对基因进行颜色填充，因此通过上方的代码生成对应的16进制颜色，经过case_when将颜色与数据整合

df <- dd %>% as.data.frame() %>% 
  separate_rows(.,geneID,convert=TRUE,sep="/") %>%
  left_join(.,geneList %>% as.data.frame() %>% dplyr::rename(FC=".") %>%
              rownames_to_column(var="geneID"),by="geneID") %>%
  select(2,geneID,Count,FC) %>%
  filter(Description %in% c("Photosynthesis",
  "Photosynthesis - antenna proteins","Fatty acid metabolism")) %>%
  mutate(col=