独家秘诀|数据库查询lncRNA，我只告诉你一个人

Posted 2021-04-29 酸谈

生物信息学分析作为基础科研必要组成部分，在lncRNA研究领域自然也是不可或缺的必备利器。然而lncRNA红火至今，其相关数据库可谓是多如牛毛。初学者稍有不慎，就会陷入无从选择的迷茫困境。

lncRNA研究套路

那么如何才能在寻求lncRNA相关信息时做到手到拈来、不费吹灰之力呢？老谈则在给大家梳理了lncRNA研究相关的生物信息学网站，聚焦lncRNA序列查询、机制研究和功能研究，对相关网站使用方法和注意事项进行视频演示，可让初接触lncRNA的学员们有种拨云见日之感。

单基因GO和Pathway分析

一般lncRNA下游间接功能机制研究会通过敲减或过表达lncRNA后，再以高通量手段检测下游编码蛋白RNA水平表达变化，设定阈值后则表达差异变化2倍或以上的分子可定为候选分子。

而对候选分子进行分析最常采用的方法是GO分析和Pathway分析。本节课程主要介绍单基因GO和pathway分析常用工具，并手把手传授其使用方法 。

GO分析的网站其实有很多，但是主要的网站有NCBI、Ensembl、AmiGo以及GoA。课程中以DUSP6为例，详细演示了各个网站的操作方式，方便学员们即学即会。

AmiGO2的搜索界面及GO分析结果：

GOA的搜索界面以及搜索结果：

至于单基因的Pathway分析，我们有基础的KEGG入门训练营，课程就不再赘述，而是聚焦Reactome网站，并详细介绍该网站的使用方法。

多基因GO和Pathway分析

但是当候选分子数量庞大时，单基因GO和pathway分析显得效率不足。此时多基因GO和pathway分析显得尤为重要。

老谈也对多基因GO和pathway分析进行了讲解。如果你还想继续听下去，不妨立即报名精品训练营《lncRNA研究套路》

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