不用学R语言，快速发表3分以上生信数据挖掘SCI文章

Posted 2021-04-27 免疫细胞研究bioworld

要点预览

全国TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班

第11期长沙班：2019/10/12-13（11号报到）

长沙金枫大酒店

第12期上海班：2019/10/26-27（25号报到）

上海华晶宾馆

培训目的与培训预期

培训简介：

    癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向（含30000个样本）的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加！如图1所示。

图1 基于 pubmed数据库检索的包含“TCGA”发表的SCI 文章数量（2018年11月7日）

关键靶标分析是指基于生信的方法从高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因（mRNA，miRNA，lncRNA或蛋白）。

    因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路，从海量信息中获得自己想要的关键基因！

培训预期：

1. 通过整整两天的培训，掌握TCGA，GEO数据库的使用、下载及分析思路和实用操作技能。

2. 可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。

3. 课后还可以赠送1小时的全场串联视频，用于学员的复习。

4. 赠送一份最近5年的高价值国自然标书

5. 讲师团队赠送TCGA数据库甲基化，基因表达谱整合分析报告与疾病mRNA+lncRNA分析报告。

学习班组织方

主办方：医药加科研培训中心

承办方：上海循掘生物科技中心

讲师简介

宋伟博士：

医药加学习班金牌讲师，中国精准医疗学会委员

成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在北京，上海、广州，沈阳、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等

    

TCGA&GEO高通量数据挖掘分析班课表
日期	时间	课程安排	内容介绍
第一天上午	9:00-10:00	生信简介	生物信息介绍
			高通量：测序及芯片介绍——多组学：转录组学、基因组学、表观组学、宏基因组学等
			经典生信SCI文章的思路解读，了解TCGA数据库、GEO数据库及高通量测序数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路
	10:00-10:15	茶歇
	10:15-12:00	TCGA数据库 NCBI GEO数据库	TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)
			TCGA数据库的产生过程
			TCGA官方数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）
			GEO数据库介绍及使用：高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。
	12:00-13:30	午餐及午休
第一天下午	13:30-15:00	TCGA相关下载工具	TCGA数据库据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。
	15:00-15:20	茶歇
	15:20-17:00	TCGA相关分析工具	TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。
			获得生存曲线图（KM曲线，分为临床因素和基因表达两种KM曲线）
第二天上午	8:30-10:30	TCGA数据后续高级分析工具实战	功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析
			聚类热图制作
	10:30-10:45	茶歇
	10:45-12:00	TCGA数据后续高级分析工具实战	蛋白互作分析（PPI）及网络图构建
			网络分析及hub蛋白/基因获得。
	12:00-13:30	午餐及午休
周日下午	13:30-15:00	TCGA数据库与GEO数据库挖掘	基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练
	15:00-15:20
	15:20-16:30	整体演练并录屏	在电脑上快速完成从头到尾的一套数据实战，及答疑
注意事项：学员需自己带电脑，要求为windows系统，现场不得录音录像，上课所用软件为cytoscape和Heml

     示例图 通路富集分析结果图   

    

示例图 聚类热图分析

                    

   示例图 GO富集分析结果图

                                    

示例图 蛋白互作网络图

     

  示例图 pathway map图 

 

 示例图 关键基因的KM生存曲线图

学习费用

学习费2800元每位（学习费包含电子版教材、午餐，住宿费自理，保证学员完全掌握。）

优惠政策：

1. 提前支付转账的可提前拿到学习资料

2. 三人组团报名，每人收费2700元

3.  四人组团报名，每人收费2600元

4.  五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！ 

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。 

注意事项：携带windows系统的电脑，苹果电脑请务必提前做好双系统。现场不得录音录像。

报名咨询与报名方式

咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01

联系人：金老师 18917745941 王老师 13818765978

住宿安排

住宿：（不强行规定，可自己预订附近其他酒店，费用自理）

长沙金枫大酒店， 上海华晶宾馆

可以让主办方待定酒店

医药加金牌讲师团会在现场给学员们面授科研策略与技能。

医药加金牌学习班特色：

医药加金牌学习班自开办以来，已经成功举办了几百期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。

10-11月份医药加学习班课程安排

咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01

10.2-5	上海中兴和泰酒店	临床科研大师班
10.12-13	长沙金枫大酒店	第10期TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
10.19-20	北京金泰绿洲酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
10.19-20	北京金泰绿洲酒店	第37期非编码RNA与外泌体研究策略与基金申请学习班
10.19-20	北京金泰绿洲酒店	单细胞测序数据分析挖掘与研究思路面授会
10.19-20	上海中兴和泰酒店	第13期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
10.26-27	上海华晶宾馆	第11期TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
10.25-27	长春金安大饭店	第47期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
10.26-27	上海华晶宾馆	第7期全国临床预测模型构建与基于R语言统计分析学习班
10.26-28	上海华晶宾馆	第16期基因编辑技术学习班
11.9-10	广州南洋长胜酒店	2019全国AI科研作图高级学习班
11.9-10	广州南洋长胜酒店	第11期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题学习班
11.9-10	广州南洋长胜酒店	2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导）
11.8-10	北京金泰绿洲酒店	第48期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班
11.9-10	北京金泰绿洲酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
11.9-10	北京金泰绿洲酒店	第15期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
11.23-24	上海中兴和泰酒店	临床研究设计与实用医学统计研讨班
11.23-24	清华伯克利深圳学院	单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会
11.22-24	清华伯克利深圳学院	第38期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班
11.22-24	清华伯克利深圳学院	python语言零基础三天学习班