rboAnalyzer丨有了它，做生信分析更容易了

Posted 2021-04-26 南博屹生物

我们一般做数据挖掘时都是通过BLAST或其它相似工具在数据库中寻找大量相似的序列，然而因为搜索得到的序列结果与数据库中的主题序列存在部分匹配，大大增加我们翻译、解释这些结果的难度。

在今年7月来自捷克的Schwarz课题组在Frontiers in Genetics发表了著作，他们开发了rboAnalyzer软件，主要针对非编码RNA，以自动化工作流程取代手动工作，可有助于解释序列搜索结果。

这是rboAnalyzer 的操作流程图：

 

（图片来自于：

https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00675）

 

rboAnalyzer 软件操作步骤简单地分为三步

1) 把部分匹配扩展到其可能的全长序列。

2) 识别主题RNA的同源性。

3) 预测二级结构。

 

所有信息都会集合到html输出里。

rboAnalyzer 在Linux系统上运行，利用具有Biopython、NumPy、Pandas、matplotlib和Jinja2的Bash和Python 3操作。

Schwarz课题组用该软件对放线菌的分歧杆菌ms1 RNA的同源性分析做了示范，你看：

 

（图片来自于

https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00675 ）

 

他们选取3个不同质量的高分值片段对HSP，图5A代表的是高质量HSP，HSP 覆盖了查询序列的很大一部分，但间隙相对较少，表明查询序列与主题RNA具有很强的相似性，从而表明它们的同源性。高序列相似性导致精确扩展的全匹配，使得能够预测由 Turbofold 和 rfam-Rc 预测最好表示的准确二级结构。

图5B代表的是同源性RNA，5C代表的是非同源性RNA。rboAnalyzer 软件能够准确地识别同源性。事实上，ms1 RNA是个唯一的细菌RNA，而非同源性HSP的存在于真核细胞。

 

这篇文章的作者认为rboAnalyzer软件是必需的，因为通常只有全长序列才能对RNA做有效分析。二级结构、同源性和功能鉴定的预测分析也同样重要。

 

 

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