R语言 | 绘制饼图（扇形图）方法示例

Posted 2021-04-18 生物空间站

R语言绘制饼图（扇形图）

    饼图（或扇形图）是最基本的统计图形之一，用于展示各元素数值相对于总数的占比情况，图中每个扇区的弧长表示该元素数值的占比大小（总和为1）。今天呢白鱼小编就给大家带来如何使用R语言绘制饼图的方法。

    本文使用的作图数据的网盘链接（提取码7sjx）：

    https://pan.baidu.com/s/1opiw6gHgUGfBgsRnmo93yA

    文件“phylum.txt”由16S高通量测序所得的物种丰度表转化而来，展示了主要细菌类别（行）在各样本（列）中的丰度信息。接下来我们绘制饼图，展示主要细菌类别在样本中的丰度占比信息。

pie()绘制饼图

  

    在R中读入数据后，可直接使用pie()绘制饼图，该命令在R启动时默认加载。

    我们使用pie()绘制样本a1中主要细菌类别的丰度组成，一个简单的作图命令如下所示。   

#读取数据
phylum <- read.delim('phylum.txt', sep = '	', stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)

#pie()，可使用 ?pie 查看该命令详情
pie(phylum$a1, col = c('#8DD3C7', '#FFFFB3', '#BEBADA', '#FB8072', '#80B1D3', '#FDB462'),
	labels = phylum$phylum, font = 3, main = 'Sample: a1
Phylum level')

    

pie3D()绘制3D饼图

  

    plotrix包中提供了一个可绘制3D效果饼图的命令pie3D()。我们继续使用以上读入的测试数据，加载plotrix包绘制3D饼图。

#pie3D()，可使用 ?pie3D 查看该命令详情
library(plotrix)
 
pie3D(phylum$a1, col = c('#8DD3C7', '#FFFFB3', '#BEBADA', '#FB8072', '#80B1D3', '#FDB462'),
        explode = 0.05, height = 0.1, radius = 0.85, labels = phylum$phylum, labelcex = 1, main = 'Sample: a1
Phylum level')

fan.plot()叠加扇形图

  

    plotrix包中还提供了一个可用于绘制叠加扇形图的命令fan.plot()。我们继续使用以上读入的测试数据，加载plotrix包绘制叠加扇形图。

#fan.plot()，可使用 ?fan.plot 查看该命令详情
library(plotrix)
 
fan.plot(phylum$a1, col = c('#8DD3C7', '#FFFFB3', '#BEBADA', '#FB8072', '#80B1D3', '#FDB462'),
        labels = phylum$phylum, main = 'Sample: a1
Phylum level')

    注意：这里扇形的宽度才是重要的，而半径大小并无意义。

ggplot2绘制饼图

  

    ggplot2功能强大，因此使用ggplot2绘制饼图是个很不错的选择。白鱼小编就很喜欢ggplot2的语法和风格，更灵活且更好看。

#ggplot2
library(ggplot2)
 
p <- ggplot(phylum, aes(x = '', y = a1, fill = phylum)) +
geom_bar(stat = 'identity', width = 1) +
coord_polar(theta = 'y') +
scale_fill_manual(values = rev(c('#8DD3C7', '#FFFFB3', '#BEBADA', '#FB8072', '#80B1D3', '#FDB462'))) +
theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_blank(), axis.text.x = element_blank(), plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
theme(legend.text = element_text(face = 'italic'), legend.title = element_blank()) +
labs(x = '', y = '', title = 'Sample: a1', fill = 'Phylum')
 
p

    再来个圆环状的样式。

p <- ggplot(phylum, aes(x = '', y = a1, fill = phylum)) + 
geom_bar(stat = 'identity', width = 0.3) +
coord_polar(theta = 'y') +
scale_fill_manual(values = rev(c('#8DD3C7', '#FFFFB3', '#BEBADA', '#FB8072', '#80B1D3', '#FDB462'))) +
theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_blank(), axis.text.x = element_blank(), plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
theme(legend.text = element_text(face = 'italic'), legend.title = element_blank()) +
labs(x = '', y = '', title = 'Sample: a1', fill = 'Phylum')
 
p

    

    好了，基本图形的画法就先简介到这里吧。多多练习，慢慢熟练了窍门后尝试挑战更复杂的图形吧。

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