perl的更新与模块的安装
Posted 生科人日常
tags:
篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了perl的更新与模块的安装相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
perl的更新与模块的安装
perl更新
有很多生信软件用perl语言来写,而且会用到一些perl模块。编程语言的模块一直被认为是把双刃剑,弊端之一是有些模块的安装比较麻烦。闲言少述,这里提供了perl的更新代码(跳过多线程的坑)以及基本的perl模块安装方法。
我们在安装perl软件的时候经常会遇到“This Perl not built to support threads”这样的错误提示。一直不太明白在多线程软件逐渐形成主流的今天,perl却从5.8.0版之后,默认安装均不启用多线程,这真是一个巨大的坑! 安装多线程版的perl如下:
wget http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.16.1.tar.gz
tar -xzf perl-5.16.1.tar.gz
cd perl-5.16.1
./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl -Dusethreads -Uinstalluserbinperl
make
make test
make install
mv /usr/bin/perl /usr/bin/perl.bak
ln -s /usr/local/perl/bin/perl /usr/bin/perl
# 运行完如果输入perl -v能正常显示,则表示安装成功
# ./Configure这一行参考自[1],其中各选项解释如下(可通过./Configure -h查看):
-des 即-d -e -s的合写。其中-d表示未指定的选项均按默认值,-e表示执行config.sh过程中不显示出现的警告,-s表示静默安装,仅打印出错误信息或必要信息。
-Dusethreads 支持多线程(use thread support),[注:这是这段代码的核心。]
-Dprefix=/opt/perl5 指定perl安装位置(choose your destination),默认是安装到/opt/perl5中,这里通常的做法先安装到/usr/local/,再将perl主程序链接到/usr/bin/中。考虑到安装可能发生意外,或者某些软件需要使用低版本的perl运行,建议备份原始的perl,再将新的perl并设为默认,而不是直接覆盖。
-Uinstalluserbinperl 表示在安装的时候不要用新的perl直接覆盖/usr/bin/perl
(You'll also need to tell Configure not to link this new Perl as /usr/bin/perl with -Uinstallusrbinperl)
另外,看到博文[2]中,还有一个选项-Dcc=gcc它指定使用的编译器(choose your compiler),因为默认值即为gcc,这个选项没有必要加。
perl模块安装
A.使用cpan安装
一些用Perl写的软件安装时经常出现某模块没有安装,如下:
从提示中我们发现是Archive::Extract这个模块没有安装。
安装的方法如下:
[推荐] sudo cpan Archive::Extract
# 新版的cpan不需要用cpan install module, 只需cpan module
此外还有
perl -MCPAN -e install "install Archive::Extract"
#注意引号
B.使用原码安装
搜索perl模块的重要网址:
http://search.cpan.org/
https://metacpan.org/
从以上提供perl模块的网站下载模块的压缩包,以XML:Simple为例(参考〔3〕。 这个模块会在trinity下游分析的软件中用到)。
在CPAN中搜索到http://search.cpan.org/~grantm/XML-Simple-2.24/lib/XML/Simple.pm。在页面右侧会有一个Download链接,通过该链接下载到tar.gz压缩包(XML-Simple-2.24.tar.gz)。
tar -zxvf XML-Simple-2.24.tar.gz
cd XML-Simple-2.24
perl Makefile.PL
make
make test
make install
以下网址也提供了一些perl的学习材料
http://perldoc.perl.org/index.html
参考材料
[1] https://www.perl.com/pub/2002/09/04/threads.html
[2] http://blog.csdn.net/zzq900503/article/details/16948349
[3] http://www.mclean.net.nz/cpan/
转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自卢锐科学网博客。
以上是关于perl的更新与模块的安装的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章