安装perl模块其实没有那么难

Posted 生信媛

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了安装perl模块其实没有那么难相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

由于生物信息早期最多用的语言是perl,因此不可避免就要用别人的perl脚本或者基于perl的项目来处理数据。其实里就为了使用prineq讲到了非root的perl模块安装方法。

使用perl脚本和使用其他编程语言的脚本没啥不同,毕竟你只要传入参数,它就能给你结果。因此对于我们这些不用perl写脚本,只想调用的人而言,唯一要学会的事情就是如何安装perl的模块”。

关于perl模块安装,最古老的方法就是使用 perl -MCPAN -e shell或者是 cpan(两者等价),这也是我最先接触的方法,这里介绍如何使用 local::lib和 cpanm实现非root权限安装perl模块。

使用系统自带的perl

安装任何软件最怕遇到的问题就是权限问题,因此我们需要先安装 local::lib,使得我们能够将perl模块安装到任何地方,简单的说就是安装到我们的家目录下

第一步,下载源代码进行编译安装

 
   
   
 
  1. wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000024.tar.gz

  2. tar xf local-lib-2.000024.tar.gz

  3. cd local-lib-2.000024

  4. perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt

  5. make test && make install

第二步:设置环境变量,使得perl在安装模块的时候会优先使用我们指定的路径

 
   
   
 
  1. echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc

先用 perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt表示运行前先添加 $HOME/opt/lib/perl5到自己的搜索路径 @INC中,然后传入参数 $HOME/opt执行模块 local::lob,这个模块的执行结果会输出如下内容

 
   
   
 
  1. Attempting to create directory /home6/wangjw/opt

  2. PATH="/home/zgxu/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;

  3. PERL5LIB="/home/zgxu/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;

  4. PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/zgxu/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;

  5. PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/zgxu/opt\""; export PERL_MB_OPT;

  6. PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/zgxu/opt"; export PERL_MM_OPT;

这些就作为 eval的参数进行执行,也就是说你重启终端后后, PERL5LIB PERL_LOCAL_LIB_ROOTPERL_MB_OPTPERL_MM_OPT这几个变量就会重新设置,以此保证你后续安装perl模块时,会优先安装到自己的选择的目录

第三步:安装cpam. 由于之前已经配置了 local::lib,因此perl编译的工具都会默认安装到 ~/opt目录下

 
   
   
 
  1. wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7043.tar.gz

  2. tar xf App-cpanminus-1.7043.tar.gz

  3. cd App-cpanminus-1.7043

  4. perl Makefile.PL

  5. make test && make install

第四步:使用国内镜像提高下载速度,可以通过别名的方式实现

 
   
   
 
  1. echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc

之后便可以使用 cpanm Module::Name安装任意的软件了。

自己编译一个perl

自己编译Perl的好处就在于之后的perl模块都会安装到自己的Perl目录下,而不会对系统造成影响。

 
   
   
 
  1. cd ~/src

  2. wget -4 http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.1.tar.gz

  3. tar xf perl-5.26.1.tar.gz

  4. cd perl-5.26.1

  5. ./Configure -des -Dprefix=$HOME/opt/sysoft/perl-5.26.1

  6. make test

  7. make install

然后用 perl -'{print "$_\n" foreach @INC}'会发现perl只会在自己的目录 ~/opt/sysoft/perl-5.26.1下查找模块。那么使用 cpanm Module::Name安装的任何包都只会安装到 ~/opt/sysoft/perl-5.26.1下,你也不需要安装 local::lib

参考资料

: 这篇文章基本上介绍了perl模块的安装的所有可能方法,非常全面,如果我这一篇文章解决不了你的问题,那么就需要看Jimmy写的啦

以上是关于安装perl模块其实没有那么难的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

WIN32 环境下怎么安装PERL 模块

在 Android 操作系统上安装 Perl 模块

如何找出 Perl 模块的安装位置?

你懂得咋选择彩光模块吗?其实也没那么难!

其实下载文件没有那么难

Perl 基础笔记: 使用 cpanm 安装 Perl 模块