如何利用perl快速筛选差异基因？
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了如何利用perl快速筛选差异基因？相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
今天给大家分享一下如何利用perl快速筛选差异基因。例如我们在用GEO2R，或者其他方法得到这样的数据：我们就可以快速筛选差异基因和上下调的差异基因，当然用EXCEL也是可以的，但是没有Perl的速度快。
我们只要将我们的input.txt文件和perl脚本放到同一个文件下，然后双击相应的脚本就可以得到我们的结果文件。
下面我们就将代码放在这里：
筛选上调差异基因的代码：
#!/usr/bin/perl -w
open IN,"<input.txt";
open OUT,">up.txt";
while (<IN>) {
chomp;
my @gene=split /s+/,$_;
if ($gene[1] <=0.05 && $gene[3] >=2) {
print OUT "$_ ";
}
else {
next;
}
}
close IN;
close OUT;
筛选下调差异基因的代码：
#!/usr/bin/perl -w
open IN,"<input.txt";
open OUT,">up.txt";
while (<IN>) {
chomp;
my @gene=split /s+/,$_;
if ($gene[1] <=0.05 && $gene[3] <=-2) {
print OUT "$_ ";
}
else {
next;
}
}
close IN;
close OUT;
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