SAM文件格式介绍

Posted 2023-05-05

参考技术A SAM 是sequence alignment format [ http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf] 的缩写， BAM文件是SAM的二进制文件 。当测序生成的fastq文件 比对到参考基因组 后就会生成SAM文件或者BAM文件。大部分的数据分析都是始于SAM文件。

SAM格式文件包括 头部注释部分 和 比对结果部分 ，头部分为''可选部分''。头部分位于比对部分之前， 以“@”开头 。比对部分有 11列是固定 的，其他多列可选。看如下例子：

比对结果部分每行标示一个read与参考序列的比对信息，前11列为必须字段，顺序固定。其余列是可选字段。前11列如下解释：

使用picard工具去重自己的sam/bam数据

目录

Building Picard

Running Tests

去重自己的sam/bam数据

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picard是一组用于操作高通量测序 (HTS) 数据和格式的 Java 命令行工具。

Picard 是使用 HTSJDK Java 库HTSJDK实现的，以支持访问通常用于高通量测序数据的文件格式，例如SAM和VCF。

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