基因组规模代谢网络模型构建分析工具与数据库一览
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了基因组规模代谢网络模型构建分析工具与数据库一览相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
相信有了这些软件、数据库的加持，我国微生物组功能的研究必将事半功倍！遗憾的是这些主流的工具箱和开源数据库还是国外的为主，我国亟需建立自己的核心工具箱与专业数据库。
| 工具箱 | 功能总结 |
| COBRA | 基于约束的模型计算基础套件，在MATLAB上运行。可以用于代谢模型构建与分析。最近也包含了一些微生物组代谢模型的构建及相互作用分析 |
| cobrapy | 与COBRA类似，功能要少一些，在python上运行 |
| RAVEN | 与COBRA类似，功能要少一些，在MATLAB上运行，包含一些预测饮食与微生物组相互作用的工具 |
| sybil | 与COBRA类似，功能要少一些，在R上运行 |
| Kbase | 网页工具，可以用于代谢模型的自动化构建于分析 |
| BacArena | 用于肠道菌群中菌株水平代谢模型的构建，在R上运行 |
| gapseq | 用于微生物群落中菌株水平代谢模型的构建与分析，在R上运行 |
| CarveMe | 用于微生物群落中菌株水平代谢模型的构建与分析，在python上运行 |
| COMETS | 单菌株水平计量学模型的动态流平衡分析(dynamic FBA) |
| MCM | 基于传统流平衡分析的微生物群落模型计算工具 |
| DyMMM | 可将多个菌株的信息整合到动态微生物群落模型中 |
| OptCom | 开展微生物群落流平衡分析的工具 |
| SteadyCom | 可以根据饮食变化预测微生物组中菌落丰度的变化 |
| MetExplore | 网页工具，用于代谢物组和代谢模型的关联分析 |
| Mminte | 通过代谢模型预测菌株的两两相互作用规律 |
| Metage2Metabo | 用于微生物群落中菌株水平代谢模型的构建与分析，在python上运行。可以用于从大型微生物菌落中提取关键菌株用于更加深入的研究。 |
| jQMM library | 可以进行流平衡分析和基于13C标记的通量分析，在python上运行 |
| 数据库 | 功能总结 |
| BiGG database | 高质量代谢模型数据库 |
| Virtual Metabolic Human (VMH) | 人类和肠道微生物代谢模型数据库 |
| ModelSEED | 高质量生化反应数据库 |
| Human Metabolic Atlas (HMA) | 人类代谢开源数据库 |
| MetaCyc/HumanCyc | 有实验证据校正的生化反应与代谢途径数据库 |
| KEGG | 综合数据库，保罗万象 |
| BRENDA | 酶功能注释数据库 |
| REACTOME | 开源生化反应途径数据库 |
| UniProt | 开源的蛋白质功能注释数据库 |
| Rhea | 高质量生化反应数据库 |
| MetaNetX | 生化反应开源数据库，具备多个数据库信息的链接 |
主要参考文献:
Metabolites 2019, 9, 22; doi:10.3390/metabo9020022
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